生物菌肥施過不，關鍵在于基質中缺乏有機質，很多菜農反映，他們施加的生物菌肥效果并不十分理想，使用后只有一段時間起作用，但是很快就會失效，出現死棵等問題。那么這是什么原因導致的呢？
當地采用的基質主要是沙子和爐渣，其中不含有機質，而菜農定植蔬菜前也很少施用有機肥，導致基質中有機質含量極低。而生物菌肥主要是依靠有益微生物發揮作用的，有益微生物的生存繁殖都離不開有機物作為食物。因此，菜農在使用生物菌肥后，其中的有益菌就會因為缺乏食物而死亡，起不到應有的防治效果。
建議菜農在以后種植西紅柿時，應該向基質中摻入適量發酵腐熟好的糞肥等有機肥，一般來說，可每畝施用益生、格潤來福等腐熟雞糞1500-2000千克。這樣做，不僅可以提高基質中的有機質含量，增強基質的保水保肥能力，還可以為有益微生物提供足夠的營養，以生物菌肥的使用效果。