化肥具有養分高，肥效快，體積小，運輸和施用方便等優點。但是，化肥養分濃度高，養分單一，有些含有副成分，如果使用不當，會對土壤和作物產生不良影響。首先造成土壤各類養分比例失調。化肥基本上是單質肥料，施入土壤后，打破了土壤原有的養分平衡，長期過量施入而不補充有機物，土壤有機質消耗過度，養分比例失調反過來影響化肥的肥效。其次是農田生態環境遭到破壞。過度施入化肥，通過淋失、揮發和固定，大量的化學物質進入土壤、空氣和水系，致使環境狀況逐漸惡化，特別是水系化學物質的增加，富營養化嚴重影響人身。三是土壤理化性狀惡化。長期施用化肥，土壤有機質下降，團粒結構性能降低，土壤板結現象加劇，保肥保水能力降低。四是土壤微生物區系遭到破壞。
過量化肥，尤其是氮肥對微生物具有殺傷作用和抑制作用，長期施用，大量的微生物死亡，土壤微生物區系發生變化，許多有益微生物從優勢種群變為次要種群，作物易發生各類病害。五是農產品品質下降；实姆市л^快，對作物前期生長作用明顯，而作物養分積累不利，化肥部分物質被作物吸收積累到植物體中，影響產品品質。