健康生長的苗木在木苗期應多注意肥料的管制，近年來通過不斷的實驗及總結終于在木苗期肥料管制上又有新突破。
根據苗木不同生長期的需肥特點施肥。苗木生長一般分出苗期、幼苗期、速生期和硬化期等4個階段。出苗期的幼苗的營養來源主要是靠種子內部貯存的營養物質。幼苗期的幼苗對氮和磷比較敏感，一般以偏施氮肥為主，以促進保苗和根系生長。速生期是苗木生長旺盛的時期，需要肥水多，可增加氮肥用量和次數，并按比例施磷鉀肥，以促進氮的吸收和苗木生長。到了苗木地上部和地下部都逐漸木質化的硬化期，要防止徒長，停止施用肥料，提高苗木抗性。
選用適宜的肥料種類。追施的肥料一般采用肥或腐熟的人糞尿。用于圃地的肥料種類，常用的有尿素、硫酸銨、氯化銨、氯化鉀、過磷酸鈣等。化肥必須完全粉碎成粉狀，不宜成塊施用。培育草花的苗圃，忌施碳酸氫銨，因為這種肥料揮發性強，尤其是高溫下施用，揮發出的氨氣容易灼傷草花苗木的葉片。如果大量施以碳酸氫銨，還會使苗木生長柔嫩，降低抗逆性。
選擇適宜的施肥方法。苗木追肥可分為干施法和濕施法兩種。干施法是將肥料溝施，溝施的深度應在根系的分布層，施在須根部的四周，不宜靠近干部。根系強大，分布較深遠的苗木，施肥宜深，范圍宜大，如油松、銀杏、合歡、臭椿等；根系淺的苗木如花灌木、法桐等，施肥宜淺，范圍宜小。濕施法是將肥料對水成肥液，均勻地施在育苗地上。在施肥時應掌握肥料的特性。氮肥在土壤中移動性較強，以淺施滲透到根系分布層內，易為苗木吸收；鉀肥的移動性較差，磷肥的移動性更差，宜深施至苗木根系分布多處。肥料用作基肥時發揮肥效較慢，應深施；追肥較快，則宜淺施。根據天氣狀況決定施肥次數和施肥量。溫度高，吸肥多；溫度低，苗木吸收少。天氣晴朗、土壤干燥時施肥有利于苗木吸收，陰雨天由于苗木根系吸收水分慢，不但養分不易吸收，肥分還易被雨水沖走，造成浪費。
看苗施肥。主要是根據苗木種類、苗齡、苗木密度和生長勢來確定施肥措施。如針葉樹種比闊葉樹種需氮多，需磷較少。一般一年生播種苗在生長初期需氮、磷較多，以促進幼根生長發育；在速生期需要大量氮、磷、鉀及其他元素；在生長后期以鉀為主、磷為輔，以促進幼莖木質化。容器育苗與苗床育苗相比，不能施入基肥，否則會導致某些元素的濃度過高，造成死苗。一般只施以適量的堆肥，而追肥的效果也不錯，即結合容器苗灌水施用性肥料。容器育苗的施肥，通常是將含有一定比例的氮、磷、鉀養分的混合肥料，按1∶200的濃度配成水溶液，通過灌水系統進行噴施或灌根。
進行根外追肥。根外追肥是在苗木生長期將肥料的溶液，直接噴灑在苗木葉子上，讓肥液逐漸滲入葉內合成苗木生長急需的營養物質。一般幼葉較老葉，葉背較葉面吸水快，吸收率也高。所以，實行噴布時一定要把葉背噴勻。在苗木用肥上，常用的葉面肥有尿素、磷酸二氫鉀和各種葉面寶等，使用時要嚴格掌握濃度，以免灼傷葉片。定在陰天或上午10時以前和下午4時以后噴施，以免氣溫高使溶液很快濃縮，影響噴肥效果或造成藥害。