不是每一種肥料都適用于任何土壤、任何作物，各種各樣的肥料都有自身適用的方法，只有掌握了必要的化肥使用知識，才能充分發揮肥料的功效從而促進作物的生長。
未腐熟的農家肥和餅肥不宜直接使用：未腐熟的農家肥和餅肥中含有多種蟲卵、病菌，還會產生大量二氧化碳氣和熱量，直接使用會污染土壤，加快土壤水分蒸發：燒壞作物根系，影響種子發芽。正確的使用方法是，先將農家肥和餅肥充分堆漚腐熟后再使用。
含氯的化肥不宜使用在鹽堿地和忌氯作物上，忌氯作物有煙草、水果、甜菜、薯類、西瓜等。
氮素化肥不宜淺施或澆水前施用：氮素化肥施入土壤后一般要轉化為銨態氮，容易隨水流失或受光熱作用而揮發，失去肥效。
銨態氮肥不宜與草木灰等堿性肥料混合使用。
氮肥不宜多施于豆科作物上：豆科作物根部都有固氮根瘤菌，過多施用氮素肥料，不僅會造成浪費，還會使作物貪青晚熟，影響產量。
磷肥不宜分散使用：磷肥中的磷元素容易土壤吸收固定，失去肥效，應先將磷肥與積肥混合堆漚一段時間，再溝施或穴施于作物根系附近。 含磷量較高的肥料不宜多用于蔬菜 蔬菜對磷元素的需要量相對較小。
鉀肥不宜在作物生長后期使用：鉀肥應提前至作物苗期追施，或作基肥使用。待有缺鉀癥狀時，作物生長已近后期，這時再追肥已起不到多大作用。 稀土肥料不宜直接施于土壤中 稀土肥料用量較小，正確的使用方法是將稀土肥料拌種或用于葉面噴施。
不宜不分作物品種和生育期濫施肥料：不同作物、不同生育期的作物對肥料的品種和數量有不同的需求，不分作物及時期施肥只會適得其反。