現實中大量畜禽糞如果不作有效利用堆積成有機肥而是隨地堆積，這造成生活環境和水體的污染，當前我國發展雙高農業生產正需要有機肥和化肥配合使用，我們可以采用生物發酵技術制作堆肥是處理畜禽糞尿的科學方法，如果將生糞直接施到農田，既不現實又會造成像肥效遲緩等多種弊病，引起病蟲害傳播和蔓延；生糞直接到土壤中去發酵會造成燒苗，影響農作物正常生長和引起果樹落葉等問題。
運用科學方法。這方面的潛力巨大，除了大規模工廠化生產堆肥以外，在農村普及土法堆肥技術是很現實的，可以促進養殖廢棄物的循環利用，滿足農產品優質生產和中低產田改良對于生物有機肥的大量需求。
生物發酵制作堆肥的關鍵技術有以下五方面其一，堆肥材料的選擇與混配。用牛糞和雞糞作為堆肥的原料，其共同特點為含養分高，碳氮比較低。如，雞糞含氮1.54%，碳氮比為15∶1；牛糞含氮0.34%，碳氮比為21∶1。微生物體的碳氮比：細菌為25∶1，發酵材料的碳氮比過高使發酵慢而難，過低使發酵快，損失養分。堆肥材料不能僅用糞尿肥，必須配加碳氮比高的有機物料。如老熟的禾本科作物秸稈的碳氮比高約為60～100∶1。適當加入氮素化肥調節碳氮比，可加速腐解，縮短堆腐時間，將500公斤粉碎的干稻草或玉米秸加250公斤新鮮牛糞和雞糞的混合物料進行堆腐，大約一個月可以腐熟。
其二，向堆肥接種有益微生物，特別是一些分解有機肥能力強的菌種，可以促進堆肥腐熟過程。如果不接種會使堆肥發酵時間延長，產生臭味，而且肥效低。接種既可以提高初期有機物微生物數量，加速堆肥材料的腐熟，還可提高發酵溫度，高溫可以消滅一些病原體、蟲卵和雜草種子，還能控制臭氣的產生，提高堆肥效率。目前廣泛應用的接種劑有3類：微生物培養劑和商業添加劑2類，主要用于大規模工廠化生產；農村土法堆肥主要是用第三類有效自然材料，包括老堆肥的糞底、馬糞、牛糞、菜園土等。
其三，適當水分條件。水分調控直接影響到堆肥發酵速度和腐熟程度，還是好氧堆肥化的關鍵因素之一。為了維持微生物的活性，含水量要高達90%，但是實際有機物材料適宜的含水量在60%～80%，以秸稈為例，一般含水量75%～85%、蔬菜含水量達90%以上。但是，過多含水量也不利于發酵和提溫。
其四，通風條件。高位堆肥是利用好氧性微生物進行發酵的，要求至少有50%的氧滲入到堆肥中各部位，以滿足好氧微生物氧化分解有機物的需要。中期堆肥溫度升高后，通風可將供氧與帶走水汽二者共同進行。達到堆內散熱降溫和干燥的目的。通風的方式，可用自然通風供氧，向堆內插入通氣管或用秫秸梱做通氣塔。
其五，堆肥需要酌情加入石灰。50公斤秸稈中加2～1.5公斤石灰既可調節酸度，又可破壞秸稈表面的蠟質層，而利于吸水發酵。在北方也可用土壤調節酸度。