棉花是需肥量較大的經濟作物，施肥不足棉花容易處于饑餓狀態，這樣就難以實現高產，但過量施肥除浪費投資外，還會抑制棉花的生長發育，造成減產。因此，施肥的原則應該掌握“基（底）肥足，苗肥速，蕾肥穩，花鈴肥狠，普施桃肥”。
在棉花生產所需的肥料中，一般基（底）肥要占施肥總量的40%-50%，各期追肥占施肥總量的50%-60%。基（底）肥超過50%的棉田，一會造成棉苗前期旺長，蕾鈴脫落嚴重，后期早衰；二會遭致病蟲為害。棉花基（底）肥，到底施用多少為好，我們可以從兩方面來考慮，一是配方施肥比例；二是肥料投入開支。
從配方平衡施肥來講，氮、磷、鉀的比例以1.0∶0.3∶1.0為好，按照這個比例，各類肥料才能得到合理的應用，避免產生拮抗作用，影響肥效的發揮。雜交抗蟲棉對鉀肥是非常敏感的，在各項肥料比例中，切不可少施用鉀肥。
從肥料投入來講，中等肥力的棉田，畝產籽棉350公斤左右，每畝的肥料投入以300-350元為好，基（底）肥的投入以150元左右為好。提倡有機無機肥料配合施用，既改良土壤，又確保各類肥料平衡輸送，提高棉田供肥能力。基（底）肥中，每畝可用生物有機復合肥30-40公斤，氮、磷、鉀含量俱全的三元復合肥15-20公斤，鉀肥10--15公斤，無生物有機復合肥的，可提高三元復合肥的用量，但仍補充鉀肥。