對棉田病蟲害的防治是棉花栽培的一項重要環節。不同的階段棉花遭受不同的病蟲害，并且病蟲害的發生情況大不相同。針對這些病蟲害問題要采取相應的措施，合理運用各種科學防治技術，以降低病蟲害的發生率，從而提高棉花產量、增加棉農收入。棉花病蟲害主要有棉花枯萎病、黃萎病、棉蚜、盲蝽蟓和棉鈴蟲等，應有針對性地開展綜合防治。對發生程度較重的棉田可采取化學農藥防治，還可以結合種植業結構在棉區插花種植玉米、小麥等。
病害防治上，應根據發病特點，選擇相應的防治措施。應重點防治棉蚜、盲蝽蟓和棉鈴蟲等蟲害。在棉鈴蟲防治上，要充分發揮農業防治（如改變耕作制度）的作用，采用生物防治，必要時采用化學藥劑防治。在蟲害高發期，如采用生物措施無效，可采用殺鈴脲、阿維菌素等藥劑防治，以棉花的產量。
盲蝽蟓具有體積小、繁殖迅速、數量多、食量大、食物雜等特點。盲蝽蟓對棉花的危害較重，棉花在受害初期，受害狀況往往不明顯，容易被忽視。盲蝽蟓是病害的傳播媒介，它可以誘發其他病害，對棉花產生更有害的影響。因此，對盲蝽蟓的防治工作要早發現、嚴格查找，以較好的防治效果。在防治盲蝽蟓時，需要先對周圍的雜草進行排查，對那些螨株率高的雜草地段需要進行防治，必要時接近保護帶的棉田也要進行防治。可噴施26%氯氟·啶蟲脒水分散粒劑防治盲蝽蟓，如果發現盲蝽蟓即進行處理，可達到防治盲蝽蟓理想的效果。
在棉薊馬和其他害蟲的防治上，可以利用其天敵進行防治，減少其數量。因為棉薊馬主要為害棉葉（形成皺縮）和棉花生長點，防治時應合理用藥，且應全面噴施地表，不能只噴棉苗行。如果棉田蟲災嚴重，可以采用對生態環境和棉花質量影響小的化學藥劑來防治害蟲。這樣不僅能維護生態環境，還能提高棉花的產量，棉花的質量，更加有效地防治棉薊馬和其他害蟲。
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