新疆農業科學院1964年成立，院址烏魯木齊市南昌路38號。本院師資力量雄厚，科研成果豐碩，屢次獲獎。其前身是1955年創建的新疆農林牧科學研究所。下設糧食作物、經濟作物、園藝、土肥、植保、微生物、核技術與生物技術、農機化、品種資源、農業經濟與科技信息、測試中心、長絨棉等13個研究所（中心）、1所職工大學、10個試驗場（站），并設有國家棉花工程技術研究中心。
2000年有職工2161人，有科技人員1168人，高級職稱81人，副高級職稱341人，中級職稱413人，有中國工程院院士1人，有1人榮獲“全國十大杰出專業技術人才獎章”，有先進工作者2人，全國先進科技工作者1人，全國農業科技先進工作者1人，有突出貢獻的中青年專家7人，省部級先進工作者5人，全國振華科技扶貧先進個人14人，有1人獲得“中華農業科教貢獻獎”，自治區專家25人，享受政府特貼專家50人，自治區專業技術工作者50人（次）。
建院以來，共取得科研成果1023項，成果獲獎497項（次），其中獲國家及省部二等獎以上成果獎95項（次），獲國家專利20項；推廣自育農作物新品種144多個，引進推廣農作物新品種100多個；為新疆農業生產提供新技術、新產品、新機具110多項。“九五”以來，全院主持國家“863”項目9項，是省級農業科研單位中承擔國家“863”項目多的單位之一。我院認真貫徹“依靠、面向、攀高峰”的科技工作方針，科技服務范圍擴大至全疆13個地（州）70多個縣，科技服務面積占全區地方農作物播種面積的70%，近年來與各地州共創社會經濟效益每年均達到15億元左右。先后從獨聯體、美國等30多個國家和地區，聘請農業技術專家248批804人次，同時陸續派出青年科研骨干和專家222批471人次，引進高新生物技術、抗病育種技術、栽培技術等多項國外先進農業實用技術，引進種質資源近2萬余份。通過消化、吸收，實現了關鍵技術上的重大突破、創新，取得農業高科技引智新成果150余項，引智成果轉化率70%，并且與中國農科院及10多個省市農業科研院校建立了長期科技合作關系，共主持農業部“948”項目8項，是新疆農業科研單位中承擔“948”項目的單位，同時承擔國際間科技合作項目12項，其中兩國政府間科技合作項目占60%左右。近幾年，先后培養引進了一批博士、碩士回院工作。