紹興市農業科學研究院的前身紹興市農業科學研究所建于1973年1月，屬市級農業綜合性技術研究的全民事業單位。在市委市府的關懷和市有關部門的大力支持下，2004年6月，與部分有特色的縣（市）級研究所和民營研究所整合，成立紹興市農業科學研究院。市農科院下設糯稻研究所、蔬菜研究所、生物技術研究所、農業生態和質量標準研究所（紹興市農產品質量監督檢驗測試中心）、茶葉研究所、土壤肥料研究所、農業信息與培訓中心、旱地作物研究所、紹鴨研究所和水產研究所等研究機構以及辦公室、科研處、產業處等部門。
院本部現有職工49人，其中具有高級技術職稱科技人員13名，中級技術職稱科技人員15人。建院（所）三十余年來累計共承擔省、市科研課題136項，獲市級以上科技成果獎66項，其中省科技進步一等獎1項(協作)，化工部科技進步一等獎1項(協作)，農業部農業豐收獎1項，省科技進步獎14項，市科技進步獎49項，在省級以上刊物發表論文170余篇，創社會經濟效益16多億元。有一位同志被選為市五屆黨代表，二位同志獲省先進科技工作者稱號，一位同志獲省“50佳科技創新明星”及市先進科技工作者稱號，一位同志獲“紹興十佳經濟功臣”、“紹興市十佳科技明星”、市勞動模范稱號。
紹興市農業科學研究院在東湖有土地155余畝（其中向東湖農場租賃85畝），其中試驗用地120畝，院下屬蘭亭茶牧場有山地400多畝，山林700多畝，海南育種基地一個（土地每年向當地租用）。院內建有科研辦公及輔助用房8703m2，連棟大棚6788m2，提高型大棚34000m2，玻璃溫室二只計800m2，煉苗房1000m2，組培實驗室500m2，農產品檢測中心實驗室800 m2，配備美國安捷倫6890N氣相色譜儀、M6原子吸收分光光譜儀及日本島津2550雙光束紫外/可見分光光度計等一批當今國際先進的農產品質量檢測儀器設備共計10臺套（大型），以及AB204－N電子天平、DGG－9123A電熱恒溫干燥箱、超聲波清洗器等普通儀器35臺（套）。
近年來，市農科院按照市委市府的有關指示精神，以科技服務“三農”為己任，緊緊圍繞“農業增效、農民增收”這個主題，加強研究解決制約我市農業生產發展的關鍵技術，并充分利用自身的特點和優勢，采用舉辦培訓班、參與“科技三下鄉”、建立“紹興市農科院科技服務基地”等多種措施和形式，努力將科技成果轉化為生產力，以更好地為廣大農民服務。
一、園區建設
自2000年起，市農科院先后參與“財政支持農業科技推廣紹興市示范基地”、“紹興市農業高新技術示范園”、“紹興市農業高科技園區”等園區建設工作。在引進及推廣農業 “三新”技術和農業科普宣傳教育工作上成效顯著，先后被市委宣傳部、市科協和市教委授予“紹興市科普教育基地”、被省科協、省委宣傳部、省科技廳、省教育廳授予“浙江省科普教育基地”、被中國農學會授予“全國農業科普示范基地”、被中國科協授予“全國農村科普示范基地”，并被評為“全國農業科普先進單位”、紹興市“十佳園區建設單位”。
近年來，園區先后承擔“浙江紹興農業高科技園區科技創新服務中心建設”、“紹興市農業高科技園區孵化器建設”等部級、省級和市級項目46項，通過項目的實施，在本院建成一個品種選育繁育中心（浙江省糯稻育種工程技術研究中心）、一個品種選育繁育基地（浙江省葫蘆科主要作物的育種開發基地）、一個品種引進繁育基地（蔬菜瓜果、花卉、食用菌引進繁育基地），培育了一批種子種苗新品種。選育及引進篩選出的20多只水稻、蔬菜瓜果、脫毒甘蔗、生姜、花卉和食用菌新品種通過在我市及周邊地區推廣應用，產生了明顯的經濟效益。園區農民人均所得從2002年的6178元增加到2004年底的7252元，增加1074元，增17.38%，農民直接增收13000萬元。
園區接待來訪的領導和同仁1000余人次，接受13批2200余人次中小學生的科普教育活動，其中2003年4批320人次，2004年4批350余人次，2005年5批1300人次，2006年至今5批1000余人次。
今后將繼續加強園區內設施建設，積極引進推廣新技術、新品種，成為全市農業“三新”技術的孵化器和輻射源，為提高全市農業總體水平服務；加大對農業科普教育的投入，開展對廣大中小學生農業科普知識教育。
二、科技服務
在進行技術研究與園區建設的同時，近年來以“實際、實用、實效”為出發點，充分利用科技資源，發揮科技人員作用，積極開展農技培訓、科技下鄉活動，為廣大農戶提供新品種及實用新技術。2003年至今，在院內或聯系的基地共舉辦農業實用技術培訓班25期，培訓農戶1300余人次；參與省市有關部門組織的“科技三下鄉”活動18次，發放實用技術資料10000余份。
另外與種養大戶、農產品加工出口企業合作，建立了糯稻、南瓜、蔬菜等生產基地4個，與省內兄弟院所及種子公司合作，成立糯稻育種聯合體，加快本院科研成果轉化。2005年初，選定6個有一定代表及示范作用的農產品特色基地、種養大戶，建立“紹興市農科院科技服務基地”，委派科技服務指導員，及時提供技術、信息。
今后，在市委市府的領導下，市農科院將繼續立足“重農、愛農、為農”的服務宗旨，結合“創業、創新、創優”活動的實施，發揮人才資源與科技成果的優勢，實現 “科技入戶”，為促進我市農業綜合實力的提高、促進我市農業的可持續發展作出應有的貢獻。