上海市農業科學院是市屬的綜合性農業科研機構，成立于1960年。下設作物林果研究所、設施園藝研究所、食用菌研究所、生態環境保護研究所、畜牧獸醫研究所、生物技術研究所、農產品質量標準與檢測技術研究所、農業科技信息研究所、數字農業工程與技術研究所、農業生物基因中心等10個研究機構， 擁有10個和部級科技創新平臺和成果轉化平臺，4個市級科技平臺。
全院現有在職職工1000余名，其中專業技術人員515人，高級專業技術職務科技人員190名，碩、博士305名，享受特殊津貼專家69名。形成了種質創新和遺傳改良、設施園藝技術、生態農業技術、農業生物與標準化、農產品保鮮加工、高新技術農業應用、都市農業理論等優勢學科（領域）。與30多個國家或地區開展科技交流和合作研究。編輯出版《上海農業學報》和《食用菌》等7種學術類、技術類刊物，重點培育生物疫苗、食（藥）用菌、種子種苗三大科技產業，科技服務立足上海、輻射長三角，服務全國。
“十五”以來，上海市農業科學院緊緊圍繞上海建設高效生態現代農業的目標，堅持自主創新，加強學科、平臺、基地和隊伍建設，不斷提升科技創新能力、成果轉化應用能力和自我發展能力。全院共承擔國家、部（市）級以上科研攻關項目443項，獲得部（市）級以上科技成果獎62項，其中，國家科技進步二等獎1項，市科技進步一等獎7項，235個農作物新品種通過審（認）定。
展望未來，上海市農業科學院將牢牢把握加快推進農業科技自主創新與成果轉化應用這兩大基本任務，圍繞著上海經濟的健康發展與社會的和諧進步，以科技支撐并上海未來農業的發展。