2017年3月27日，中國學術期刊網絡出版總庫發布統計數據，福建省農業科學院土壤肥料研究所有3篇入選近五年高被引論文、2篇入選創刊以來高被引論文，這批論文全部在《中國生態農業學報》發表。

獲得近五年高被論文分別是：林新堅等，《長期施肥對南方黃泥田冬春季雜草群落及其C、N、P化學計量的影響》，《中國生態農業學報》2012年第5期。黃東風等，《培肥措施培肥土壤的效果與機理研究進展》，《中國生態農業學報》2014年第2期。林新堅等，《施肥模式對茶葉產量、營養累積及土壤肥力的影響》，《中國生態農業學報》2012年第2期。

獲得創刊以來高被引論文分別是：邱孝煊等，《施肥對蔬菜硝酸鹽累積的影響研究》，《中國生態農業學報》2004年第2期。黃毅斌，等，《生態牧草篩選及其在生態果園應用的研究》，《中國生態農業學報》2001年第3期。

高被引論文是根據中國學術期刊網絡出版總庫，統計被引頻次排在相應學科領域前列的論文，它科學地反映了論文影響力，高被引論文數量是衡量科研影響力的重要指標之一。