近些年來，因稻秧密度的增加，尤其是在直播稻推廣的階段，群體密度加大，禾苗蔭蔽度增加；矮稈、寬葉、分蘗力強的高產良種的推廣；各地施肥水平的提高等，紋枯病的發生每年都呈現重發的趨勢，一般早稻重于單季稻和連作晚稻。下面就如何防治紋枯病整理一下。
防治紋枯病的重點是保護好功能葉，在水稻生長中后期（孕穗至抽穗期）用藥，主要是抑制紋枯病菌核的形成和控制其垂直擴展，保護稻株上部功能葉不受侵害。紋枯病發生重，病斑向功能葉上擴展，會影響水稻灌漿充實，造成嚴重減產。一般早稻在6月中下旬，上部3張功能葉已抽出，田間郁閉，再加上稻田曬田復水后濕度大，有利于紋枯病的水平和垂直擴展，導致上部功能葉出現病斑，必須抓緊做好防治工作。
井岡霉素是目前生產上用于防治水稻紋枯病的主要藥劑，使用30多年來防效一直較穩定。但由于長期使用，水稻紋枯病菌對井岡霉素的抗藥性已有所上升，部分地區可能已出現抗性很強的病菌，但從生產上的總體情況來看，抗性并不強，因此不要盲目增加井岡霉素的用量，一般畝用5%井岡霉素水劑250-300毫升，或者畝用20%井岡霉素可溶性粉劑60-75克，即可取得良好的防效。井岡霉素對紋枯病的控制時間較短，持效期一般只有7天左右，在大發生年份或者發病重的田塊，需要多次用藥才能取得良好的防治效果。
目前用于水稻紋枯病的持效期長的藥劑中，用于防治的主要有滿穗240克/升噻呋酰胺懸浮劑，對紋枯病有良好的預防和作用，持效期長達30天左右。在紋枯病發生初期（一般在拔節孕穗期用藥），每畝用該制劑20毫升加水30公斤噴霧，一次用藥即可基本水稻不受紋枯病危害。如在田間水稻紋枯病發生重時再用藥，其防治效果會受到影響，在次噴藥后7-10天再噴1次藥。該藥對水稻性好，即使加倍量使用，也不會對水稻產生藥害，但一般不提倡一次性加量使用。此外，還可畝用30%愛苗乳油15-20毫升，一般重病田施藥2-3次，間隔期為7-10天。