番茄菌核病與灰霉病的發病條件類似，危害部位也差不多，主要危害果實、莖稈、葉片等部位。
1、果實。主要從果柄處或者殘花處侵染，逐漸侵染到整個果面，導致果面灰白色似開水燙過，果面上生有白色霉層，中后期形成黑色菌核；
2、莖稈。主要從葉柄基部入侵莖稈，在莖稈上出現灰白色凹陷病斑，表皮失水破裂，有白色霉層，中后期在莖稈表面以及莖稈內部出現黑色菌核，嚴重者導致死棵。
另外也可以侵染果柄和葉緣，濕度大的情況下，都能形成白色濃密的霉層。
番茄菌核病防治方法：在發病初先摘除病殘體并銷毀，然后再噴藥，可噴灑40%菌核凈可濕性粉劑500倍液、50%農利靈（乙烯菌核利）可濕性粉劑1000～1500倍液，或50%速克靈可濕性粉劑1500倍液，或50%撲海因可濕性粉劑1500倍液，或50%苯菌靈可濕性粉劑1500倍液，或50%利得可濕性粉劑800倍液，或80%多菌靈可濕性粉劑600倍液，667平方米施藥液60升，隔7~10天1次；連續防治3～4次。棚室采用煙霧法或粉塵法施藥，于發病初期，667平方米用10%速克靈（腐霉利）煙劑250～300克熏1夜，也可于傍晚噴撒6.5%甲霉靈粉塵、百菌清粉塵劑或10%滅克粉塵劑，每667平方米每次1千克，隔7～9天1次。