椒類蔬菜根腐病有多種，其發病時期和癥狀不同，方法也不同。想要防治椒類蔬菜根腐死棵需要明確種類，以便對癥。
其中腐霉根腐病就是其中之一。
主要發生在大棚秋茬和溫室秋冬茬。大棚秋茬坐果后開始發生，溫室秋冬茬定植后開始發生。初發病時僅大苗莖基部以及上下2至5厘米處呈水浸狀，后邊褐色至灰褐色或者暗褐色，濕度大時病部生有白色棉絮狀霉層。
腐霉根腐病與疫病侵染莖基部的癥狀有一定差別，因為疫病主要侵染地表以下的主根和根莖部，造成植株萎蔫死亡。
防治方法：土壤郁閉，濕度大容易誘發該病。高溫高濕能夠引起該病的迅速擴展。防治該病害關鍵要以防為主，發病后可以選擇藥劑配方：惡甲水劑（精甲霜靈錳鋅500倍）+適樂時進行灌根。
腐皮鐮孢根腐病主要危害椒類蔬菜的根系和根莖以及地表以下莖基部，發病植株白天萎蔫，早晚恢復。拔出病株可見莖基部皮層呈水浸狀，根皮淡褐色至深褐色，呈銹腐狀，側根基部變褐，皮層容易剝離露出木質部，病部維管束褐變，濕度大時可見略帶粉紅色的白色菌絲。該病與枯萎病、疫病癥狀相似，區別有三：
1、鐮孢根腐病地下莖基部腐爛，縊縮不明顯，但是疫病呈水漬狀縊縮明顯；
2、疫病導管不變褐色，但是鐮孢根腐病導致導管變褐。
3、枯萎病導致植株導管變褐色，而且一直向上發展。鐮孢根腐病導致導管變褐只是局限在莖基部。
防治方法：防治該病，關鍵要以防為主？梢赃x擇：適樂時+惡甲水劑，多福+惡霉靈+有機銅，這兩個配方灌根。
甜椒、辣椒上的根腐病除了鐮孢根腐病、腐霉根腐病，近幾年又發現了疫霉菌根腐病，這三種病害都是毀滅性病害，要加強防治。
椒類蔬菜疫霉根腐病主要危害根莖部和根部。苗期染病，根莖部呈暗綠色水漬狀猝倒或者軟腐，造成地上部萎蔫死亡。定植后染病從莖基部或者上部2至6厘米出現環狀擴展的褐色斑，后皮層呈銹褐色腐爛，病部以上枝葉迅速萎蔫凋萎，病部略縊縮，維管束不變色，別與鐮孢根腐病。
植株在定植后，該病菌主要侵染新生根和根莖部，是典型的的土傳病害，在高溫條件下，土壤黏重，高濕持續時間長，能夠造成該病害大發生。
防治方法：防治該病害也是主要依靠灌根解決，比較好的藥劑成分有：25%嘧菌酯懸浮劑1500倍液、甲霜銅、2.5%咯菌腈懸浮劑等。灌根時混摻甲殼素類生根劑，效果。