波爾多液早被文泛應用于果樹上，是一咱藥效比較穩定的殺菌劑，但配制不當也極易產生波爾多液藥害，一般波爾多液藥害產生原因大抵分為以下幾種情況。
在配制波爾多液時，由于沒等硫酸銅完全溶解就開始噴施，以至于果實出現斑點，降低果實品質。
在蘋果保果期或成熟期使用波爾多液，會使蘋果表面出現銹斑，要注意在這兩個時期用藥，以免產生波爾多液藥害。
另外，由于波爾多液中含有銅成分，而桃樹、杏樹、李樹在生長期容易對銅產生過敏，波爾多液容易使果樹落葉落果，造成嚴重減產。在配制波爾多液的時候，要特別注意石灰的等量和倍量配制，藥液中石灰倍量式時，金冠蘋果、山楂、柿樹等果樹會產生波爾多液藥害；石灰量高于等量式時，葡萄龍眼、無核紫、乍娜等品種會產生波爾多液藥害。
其次，波爾多液藥害產生原因還包括與石硫合劑、退菌劑等混合使用或交替使用，又或者是使用間隔太短，作物都會產生波爾多液藥害。
，由于波爾多液里含有石灰，假如在高溫、下雨前或露水沒干等情況下噴施，可導致作物葉面灼傷；波爾多液藥害的一種是風雨藥害，即在噴施后遇到較大的風雨，而導致葉片干枯。