根據原料及加工技術的特點，有機碳肥的生產技術大致有三類：
、以發酵工業廢液（酒精、味精、酵母）和生物質（蔗渣、秸稈）為原料，通過降解廢液提高有機碳產物活性，對蔗渣則采取以厭氧為主的少翻堆技術，減少氧化導致二氧化碳損失，同時促進有機物分子降解為小分子提高其活性。代表企業為福建綠洲公司，產品為綠烏龍系列肥。一般的發酵技術以有機質中氮磷鉀等養分元素的有效化為主要目標，而碳營養的有效化則未受關注。因此，往往過度進行好氧發酵，通過二氧化碳途徑損失大量有機碳。從有機碳的有效化考慮，應采取適當厭氧措施，使有機質分解至小分子階段即停止，盡量減少二氧化碳排放。這是基于有機碳的既節能又高效的低碳發酵新技術。福建綠洲公司有機碳肥的水溶性高達50%-90%，高達普通有機肥的20倍。由于大量補充碳營養而消除碳饑餓，僅用5-10kg/畝，即可獲明顯增產效果。
第二、有機肥生產的主流技術是發酵，而西北農業大學劉存壽研發成功的高效化學降解新技術，可保留大量的有機碳而避免了二氧化碳損失。該技術使大分子有機物在4小時內90%轉化為可溶性有機碳，開拓了一條快速化工工藝生產高效水溶性碳的新途徑。該成果已經產業化。
第三、以褐煤為原料，通過加堿反應生成腐植酸，這樣生產出來的有機碳肥產品的水溶性高、生理活性高，在全國各地應用效果明顯。