番茄潰瘍病不僅危害果實，同時也危害莖稈，特別是在整枝摘葉后危害更重。表現在莖稈上是生出一些不定根，嚴重時導致莖稈髓部壞死而死棵。但是，多數菜農在防治時僅注重了葉面或果面噴藥，而忽視了全面殺菌，使得潛藏在地表、莖稈上的病菌再次侵染為害，這就是潰瘍病難治下去的主要原因。
番茄潰瘍病是屬細菌性病害，銅制劑和鏈霉素、中生菌素等類藥劑是防治該病的藥劑。但是，大家都知道，銅制劑屬于保護性殺菌劑，殺菌效果強，但不內吸，因而其預防效果好。而鏈霉素等類藥劑內吸性強，但殺菌能力較弱。
因此，防治潰瘍病等細菌性病害時，將銅制劑與配合使用，效果更好。而且，還要注意全面噴灑棚室，將地面、植株、立柱等全面噴灑，盡量減少病原菌數量，以免病害再次侵染為害。