土壤微生物就是土壤中的細菌、分解細菌，這些生物對土壤有著很好的作用，這些生物能分解土壤地下的植物，分解后可以很好有效的對地上植物提供養分，所以土壤和作物的生長有些很大的關系，也起著很重要的作用。
土壤微生物主要作用很多，例如：固氮菌，把氮氣轉化為肥料。分解細菌，分解難以吸收的有機物給植物。還有真菌可以對土壤保濕，真菌海可以在營養貧瘠的地方比如巖石層沙層上生活。累積很多的真菌尸體就又成了肥沃的土地。
土壤微生物指的是其中的全部，不是專指在某些范圍內的特殊微生物。但是在應用時，我們更著重于對作物生長發育更有益的一些種類。這是一個特殊的種群，它對作物來講是影響其生長發育的重要環境條件之一。
細菌：細菌適于中性及微酸性的生存條件。它通常分為兩類，一類稱自養細菌，它有同化二氧化碳的能力，所以這個種群的作用是直接影響土壤的理化性質，平衡土壤的酸堿度高低。另一類稱異養細菌，這一類細菌通常都是以和作物共生的狀態存在，對作物生長有直接促進作用，如豆科植物的根瘤菌等，具強大的固氮作用，產生明顯的增產效果。