雖然生物農藥在逐步的登上農藥的歷史舞臺，并在近幾年愈來愈廣泛地被應用，并且收到了較好的效果。但是，由于宣傳普及工作還不夠深入，特別是還有一些營銷人員對生物農藥缺乏全面了解，或者知之甚少，使生物農藥在推廣過程中暴露出一些新問題。
有的認為，施用生物農藥后可以不用化學農藥了，或者說化學農藥的時代要結束了，把生物農藥與化學農藥對立起來；有的認為不施用生物農藥的食品不能稱之為無公害的食品，片面強調生物農藥的作用；有的認為，生物農藥好是好，就是慢，直觀效果差，給急于防蟲治病的農戶留下無效的印象；有的農戶將生物制劑高效Bt與殺菌劑或酸性復配液混用，使防效喪失。所有這些都有礙于生物農藥健康有序地推廣。因此，應對生物農藥有一個全面認識，并且要掌握正確使用的技術。
首先，要看到生物農藥的先進性。有關專家斷言，21世紀生物農藥技術將火暴，網絡經濟過后必然是生物經濟。生物農藥是生物工程技術中開發應用較早的科技成果之一。我國的應用起步于上世紀50年代末60年代初。生物農藥的內容很多，它包括微生物農藥、生物化學農藥、轉基因生物、天敵生物農藥以及植物源農藥。應用生物農藥，一可殺滅多種病蟲害，二可生產無公害的綠色食品，三可減少對環境的污染，確保人畜，四可保護天敵，五是病蟲不易產生抗藥性。根據農業部統計，我國已注冊登記的生物農藥有效成分品種有77個，占有效成分品種的13.4%；產品691個，占注冊登記農藥產品的7.1%；產；產量近10 萬噸制劑；使用面積約4億畝次。當然，生物農藥僅是農藥組成部分之一，尚不能取代化學農藥，還需要進一步開發，提高應用水平。
其次，要了解生物農藥的機理。生物農藥對病蟲的毒害有一個漸進的過程，如高效Bt，首先麻痹害蟲神經，然后破壞內臟致死，需要1-3天的時間。如昆蟲病毒，是病毒粒子的核酸進害蟲體內，吸取蟲體內營養，致使細胞組織解體死亡，需要3-5天。如井岡霉素對病菌的作用是阻礙細胞壁苞壁質‘氨基酸的結合，使菌絲頂端產生不正常的分枝。盡管生物農藥的直觀效應比化學農藥要慢，但施藥后的病蟲為害功能已受到抑制，或者名存實亡。因此，必須根據這些農藥的特性合理施用。
第三，要正確施用生物農藥。一是要嚴格根據當地植保部門的病蟲發生預報，提前幾天施用生物農藥；二是要嚴格按照施用劑量用藥，不可隨意增加或降低施用濃度；三是為了提高防效和性能，可與部分低毒化學農藥混用，盡量減少高毒農藥的公害。但高效Bt禁止與殺菌劑和酸性復配液混用，也不能在桑園施用；四是不能將生物農藥暴曬或受潮；五是選擇晴天下午用藥或陰天用藥，藥后遇雨須重噴一次。
雖然生物農藥比化學農藥來的健康，可是我們不能看不到生物農藥的盲區，畢竟，我們使用農藥就是為了讓作物提高產量。