沒有科學的施用方法是不能讓酵素菌肥的肥力完全利用，造成資源浪費，根據多年酵素菌肥的試驗及應用體會，參考有關資料，將酵素菌肥的施用，歸納為以下七種方法。
1.分類施取材方便，制法簡單的酵素菌發酵秸稈堆肥（以下簡稱堆肥）和土曲子（又叫普通粒狀肥，以下簡稱普粒）用于大田作物、果樹、蔬菜做基肥。高級粒狀肥（簡稱高粒）、磷酸粒狀肥（簡稱磷粒）屬于高效精肥，用做果樹、蔬菜基肥，也可做追肥。堆肥畝用量500-1000公斤；粒狀肥每畝100-200公斤。液體酵素菌肥（天惠綠肥）用于蔬菜，定植時結合灌水將肥液施入，追肥時稀釋80-100倍。葉面噴肥（又叫黑沙糖農藥）稀釋100倍液噴灑葉面。施用堆肥和各種粒狀肥時，要注意隨運隨用，嚴防日曬和風干。噴灑葉面肥時間，露地和大棚施用，一般選擇晴好天氣，盡量避免雨天或降雨前后。露地栽培，陰天也可，從早到晚在夜露出現之前結束。但要避開中午高溫，一般在上午10時以前和午后2時之后。大棚蔬菜噴灑時間，低溫季節，宜在白天作業，日落前2個小時結束。
2.配臺施為了提高肥效，可將幾種酵素菌肥配合使用。如水、旱田施用堆肥+土曲子做底肥；果、蔬類施用堆肥+高粒+磷粒+土曲子做基肥。蔬菜定植時隨著栽苗，口施天惠綠肥，促進生根緩苗。生育期中噴灑葉面肥，促進生長發育。
3.混合施除天惠綠肥和葉面噴肥外，做基肥用的酵素菌發酵堆肥和多種粒狀肥，施用前先要混合。施用時再和土壤混合，使之盡量減少與種苗接觸機會，避免發生肥害。尤其是磷酸粒狀肥燒性大，施用時更應注意。
4.對癥施根據需要施用。如水果、蔬菜和水稻育苗時為了壯苗，營養土要加進1％―2％的土曲子；連作大棚蔬菜施用土曲子可減輕病害；苗期（播種、栽苗、插條后）灌施長根用天惠、綠肥；開花、結果期灌施長果的天惠綠肥。葉面噴施酵素液有改善作物品質防治病蟲的效果。它能產生多種活性糖、有機酸、維生素和酶，噴灑后被葉面直接吸收，參與代謝，能增強作物的抗病性、抗寒性，改善產品質量。由于干旱或因植株老化根系吸水吸肥能力減弱，地面追肥往往效果不好，噴灑葉面肥，可收到立竿見影的效果。酵素液和多種配料混用產生多種效果。如酵素液＋米醋＋酒精，可控制稻瘟病，防治黃瓜霜霉病，對果菜類可壯苗，改善品質，提高含糖量。酵素液＋尿素，可加速葉菜類生長，使果、菜類多坐果、坐好果。酵素液＋鈣（石灰），可防治西紅柿、青椒爛蒂把，大白菜爛芯和瓜菜類落花落果。酵素液+米醋+水+磷酸一鈣+硫酸鈣噴灑植株，使植株健壯，葉片蠟質層增厚，浮塵子、二化螟、蚜蟲等害蟲的口器不能插入，從而達到減輕蟲害的目的。
5.連續施連續施用酵素菌類肥料能壯大土壤中酵素菌有益微生物群體，改善土壤結構，提高土壤肥力，以滿足作物生長發育的需要。果樹重點秋施磷酸粒狀肥，春施高級粒狀肥。大田作物和蔬菜分別在播種（育苗、定植），生育中期、后期，根據需要，采取不同方式，多次施用不同種類酵素菌肥。在一塊地上也應連年施用，才能表現出改土增肥效果。去日本考察的同志看到，多年施用酵素菌肥的土壤松軟得能插進手去，變成我們常說的“海綿田”。
6.覆蓋施施用酵素菌肥再覆益地膜，比裸地栽培增產效果更高。玉米地膜覆蓋施用酵素菌肥試驗結果表明，施用堆肥+兩粒和堆肥+尿素兩個覆膜處理，分別比裸地增產36.0％、18.9％。地膜覆蓋土壤水、肥、氣、熱協調，發揮了酵素菌肥增產效應。7.兼用施酵素菌發酵秸稈可做肥料，其發酵熱還可用來育苗（做苗床墊底），床上溫度穩定30℃-40℃長達30天。在大棚里搞堆肥，放出二氧化碳，增加空氣中二氧化碳濃度，又是很好的“氣肥”。
在以后的生產中酵素菌肥會很廣泛的被使用，發揮它的作用，幫助土地增加肥力，起到殺菌滅蟲的作用，但是一定要根據它的性能來施用，才能達到事半功倍的效果。