蘋果樹的不合理施用化肥不僅會降低蘋果品質、影響蘋果價格，還會促使發生黃葉、縮果、腐爛等病害問題。蘋果施肥的不合理主要體現在以下幾點：
1、氮肥施用量過大：浪費嚴重且會引發其它問題：一是加重病害發生，如腐爛病；二是使果實著色差，耐貯性、口味、品質下降；三是降低鈣元素的吸收；四是影響硼元素的吸收，導致縮果病產生；五是阻礙花芽分化，使產量降低。
2、磷肥施用量過大：含磷過高，與鐵形成磷酸鐵不溶于水，不能再吸收利用，導致果樹缺鐵，出現黃葉病。還可以與鋅形成磷酸鋅，不能再吸收利用，導致缺鋅，形成小葉病。
3、有機肥施用太少和未腐熟：一般情況下，有機肥應達到“斤果斤肥”，高產果園施肥量更高。有機肥如果不經過腐熟直接施入土壤，各種土傳病害會隨之進入果園引發或者加重某些病害；另外會出現燒根現象。
4、鉀肥施用不平衡：土壤缺鉀影響果樹對氮的吸收，產生黃葉，終導致產量降低；另外，造成土壤缺鎂，也會導致產生黃葉。
5、施肥時間不合理：大部分果農春季施肥，而秋季不施肥。實驗數據證明，秋季施肥可幫助恢復樹勢，有利于根系吸收，為來年開花結果儲備大量營養，來年獲得高產；能提高抗寒能力，降低凍害產生；會損害部分根系，起到修剪作用。
二、施肥過程中應留意的技術問題
1、施肥時間
蘋果生長對肥料有兩個吸收高峰期：從春天開花到坐果是個吸收高峰期，果實膨大期是第二個高峰期。個高峰期氮的吸收量比第二個多，而鉀在第二個高峰期吸收更多，磷肥吸收量全年基本平穩。
花前肥：主要作用是促進開花坐果和果樹營養生長的需要。一般在3月的中下旬施用，每株施用高氮復合肥0.5-1.0公斤。
壯果肥：以氮、鉀為主，配合磷肥，多在6-7月份進行。壯果肥可一次性施入，這樣既可花芽形成，又可果實的膨大。選用高鉀復合肥每株1.0-1.5公斤，配合施用適量的微肥。
秋施基肥：多在10月中上旬采果以后進行，主要是促進樹體復壯，貯存足夠營養，明年花芽分化。基肥主要以有機肥為主，按“斤果斤肥”施用較好，每株配合施用三元復合肥1.5-2公斤。
另外，小樹施肥以氮、磷肥為主，鉀肥減半；結果期應控制氮的使用量，增加磷肥的施入量；盛果樹應氮、磷、鉀配合施用；衰老樹增加氮肥用量，重點是秋季施肥。弱樹，基肥增加樹勢，花前肥促進新稍生長，適當增加氮肥用量；旺長樹枝干茂盛，結果很少，基肥施用應后移，在落葉前施，花前肥在新稍停止生長時施用；結果過多的樹，花芽分化期增施一次肥料，秋季施肥增加磷、鉀肥用量；結果少的樹，重點施秋肥；高產、穩產果樹，三個時期氮磷鉀肥配合施用。
2、施肥方法
環狀溝施：特別適用于幼樹施基肥，在樹冠外沿20-30厘米處挖寬40-50厘米、深50-60厘米的環狀溝。隨樹冠擴大，環狀溝逐年向外擴展。
條狀溝施：在樹的行間或株間或隔行開溝施肥，溝寬40-50厘米、深50-60厘米。此法適于密植園。
穴施：根據施肥量的多少，在樹冠外圍挖穴1-4個，深50-60厘米、長80-100厘米、寬40-60厘米。