微肥中的微量元素在植物內和人體需要維生素一樣，雖然需求量極少，但又是不可缺少的。有數據顯示，每千克土壤里含有效硼3-5千克，對大多數作物有很大傷害，會抑制作物對氮肥的吸收；每千克土壤中含銅200毫克，小麥會枯死，如達到250毫克，水稻會枯死；每千克土壤含鉬0.2千克，長出的草對牲畜有毒。因此，必須科學合理施用微肥。在施用微肥時應注意以下幾點。
一、要看土施肥。不同的土壤所含各類微量元素不相同，所需的微量元素也不同，只有了解土壤里缺少哪一種元素，相應補施該元素肥料才能有效。如缺硼、缺鋅，其含硼低于百萬分之零點五，含鋅低于百萬分之一點五時，才屬于缺微肥。在沒有弄清楚之前，可小面積試驗再大面積施用。
二、要看作物施用。和土壤一樣，不同作物對各種微肥需要量也不同，如水稻需要硅；油菜、豆科作物等需要硼；大蒜、洋蔥需要硒。
三、要適量施用。微肥一般作基肥。每畝施硼100-200克，或鋅肥100-150克，或硫酸亞鐵100-250克或硫酸銅510克，切忌濫施。
只有科學合理的施用微肥才能真正的發揮它的作用，做到增產增收，切不可貪多，反而對作物造成傷害。