棉蚜、棉鈴蟲、棉葉螨和棉花枯萎病、黃萎病俗稱棉花的“三蟲兩病”，以難防治、難根除的特點嚴重制約著棉花的高產。利用農田生態調控技術對其進行綜合防治，可提高防治效果，減少用藥量次，保護有益生物和環境，降低防治成本，提高棉花產量，增加經濟效益。
在自然生態系統中，生物與環境之間相互適應，生物與生物之間相互作用，從而使某一物種在生物群落中維持一定的種群密度，這種密度稱為種群的平衡密度，這種現象稱為自然控制。據估計，自然界中97%的生物均處于相對平衡狀態中。而種群維持在平衡密度的過程稱為自然調節過程，它是生物密度制約因子（如種間競爭、天敵的捕食寄生作用和植物的抗性等）的結果。
在棉田生態系統中，棉蚜、棉鈴蟲、棉葉螨和棉花枯黃萎病嚴重制約著棉花的高產，屬于棉田生態系統中的有害生物，它們的種群密度受生物密度制約因子和非生物密度制約因子的制約，利用這種制約來防治棉花病蟲危害即用棉田生態調控技術防治棉花病蟲害主要有以下幾個方面。
1、以農業生態防治為基礎
1.1種植玉米誘集帶
棉田四周套種玉米，可引誘棉鈴蟲成蟲在玉米上產卵，減少棉田落卵量。作為誘集用的春玉米應選擇高產早熟品種，力求做到玉米抽雄與2代棉鈴蟲產卵盛期“二者吻合”，可利用棉鈴蟲成蟲在玉米心葉中潛伏的特性進行人工捕捉。調查發現，點播春玉米的棉田有天敵13～41頭/百株，未點播春玉米的田有天敵0～8頭/百株；6月22日調查，點播春玉米的田塊，有蚜蟲53～104頭/百株，受棉蚜危害株率2%～3%，未點播春玉米的田塊有蚜蟲334～649頭/百株，受棉蟲危害株率為4%～11%。
1.2楊樹枝把誘蛾與噴磷驅蛾
利用棉鈴蟲成蟲對半枯萎的楊樹枝把有驅性的特征用楊樹枝把誘殺成蛾。這是由于楊枝中含有楊素，它經過水解后所產生的單糖及鄰位苯醇對蛾子有吸引作用。
噴磷驅蛾以減輕產卵，在棉鈴蟲產卵盛期，噴磷酸二氫鉀，使其與棉葉分泌出的草酸化合物沉淀為不溶性草酸鈣，失去誘蛾產卵的作用，從而獲得驅除棉鈴蟲蛾、減少產卵的效果。
1.3深翻與輪作倒茬
在秋季棉花采收后，將棉田地膜揀拾干凈，用大馬力機車帶一鏵犁深翻耕地，深翻深度保持60cm左右。深翻后立刻打埂灌水，翌年淺翻28～30cm，重施底肥，正常播種。
土壤深翻作業，使土壤的病原菌與秸稈中的病殘體埋入55cm的深土中，因原有的生存環境被破壞，其很難存活，有效減輕了棉花枯黃萎病的發病率。深翻使寄生在秸稈上的害蟲、卵和土壤中的蟲蛹被翻入深土中，減輕了翌年棉田的蟲害。
根結或根腐線蟲病嚴重發生區可將棉花與禾本科作物如水稻等作物輪作；同時清理寄主雜草，越冬代棉鈴蟲、棉蚜、棉紅蜘蛛集中在田邊雜草上產卵或越冬，鏟除田邊雜草可控制越冬代成蟲和1代幼蟲。
秋翻冬灌，破壞棉鈴蟲、棉蚜、棉紅蜘蛛越冬場所，消滅土壤中越冬蟲及病原菌，可提高越冬蛹或幼蟲死亡率，減少棉田蟲害1代的發生量。控制棉田后期灌水，控制氮肥用量，適時噴縮節胺防止棉花徒長，可降低棉鈴蟲、棉蚜危害。
2、以棉花健株栽培為重點
2.1推廣抗病蟲品種
目前南疆地區推廣的棉花品種，如新陸中28、606等不僅高抗棉花枯黃萎病，且對棉鈴蟲也有較強的抗性。調查表明，種植這些棉花品種的田塊枯萎病、黃萎病發病率較低，田間棉鈴蟲的危害率也較低。
2.2增施有機肥料
增施有機肥，不僅能為棉花生長發育提供充足的營養元素，而且其中有益微生物與之構成食物鏈，可大量殺死土壤中的細菌和病原線蟲等，減輕枯黃萎病的發生。
2.3培育合理株型
合理株型可以惡化病蟲害產生的條件。實踐證明，合理的棉花株型和群體結構是抵御病蟲危害的關鍵，以棉蚜為例，控制棉花氮肥投入，防止棉花旺長，可以預防棉蚜的發生；防止棉花受旱可減輕棉葉螨的危害。
對于棉花枯萎病、黃萎病來說，培育壯苗和合理的水肥投入也可在一定程度上預防其發生。
3保護天敵，慎用化學農藥
注重保護天敵，以控制棉花害蟲。赤眼蜂、瓢蟲、草蛉和胡蜂等天敵，對棉田害蟲蟲卵及初齡幼蟲控制作用顯著。開發天敵的增殖技術和方法，是控制棉田害蟲暴發成災的有效途徑。合理作物布局，種植誘集帶，減少用藥，改進施藥的方法；保護棉田豐富的天敵資源，以有效地控制棉鈴蟲的發生為害。
在棉花的“三蟲”防治方面，使用化學農藥時要特別注意對天敵的保護，使棉田生物生態保持平衡。采用生態調控技術防治棉花主要病蟲害，相對于化學防治而言，往往可以起到事半功倍的效果。