近年，各地大量引種的抗蟲棉有效控制了棉鈴蟲危害，蕾鈴脫落數量大為減少，生殖生長旺盛，結鈴早而多，需肥高峰來得快而猛。若按傳統方法施肥，往往不能滿足其需求，致使其營養生長不良而發生早衰。
施肥技術
（一）平衡施鉀肥
鉀肥有增強棉花抗逆性的功能和防病效果，因此，抗蟲棉需要增施鉀肥。若盲目增施氮、磷肥，忽視鉀肥的施用，不但會增加施肥成本，而且還會導致棉花早衰或晚熟，對產量和品質影響很大。
能施鉀肥的肥料有氯化鉀、硫酸鉀、磷酸二氫鉀以及復合肥等。由于新疆土壤一般鹽堿較重，不太適合施用氯化鉀。而硫酸鉀偏酸性，還可以補硫元素，雖較氯化鉀貴外，但較磷酸二氫鉀便宜，可以在棉花的花鈴期和全層施肥時施入。而磷酸二氫鉀性要強于硫酸鉀，應建議在7月下旬至8月份滴施或葉面施肥。
一般鉀肥較氮肥和磷肥難溶于水，尤其是高鉀肥，滴施鉀肥時應進行兩次稀釋或早溶水處理再進行滴施。從2019年南疆棉田觀察，一部分棉田由于鉀肥難溶，棉農怕麻煩，鉀肥沒有完全消溶就進入毛管中，致使在棉田滴施不均勻的現象發生，在田間棉株表現來看就是花花田。不建議有復合肥，雖然是含鉀的肥料，但是其中的鉀也可能是氯化鉀，長期施用極易造成棉田板結的風險。鉀肥在棉田施入一般在10天后才能顯癥，建議要早施。
（二）花鈴肥早施和重施問題
花鈴期是棉花一生中生長發育旺盛、需肥多的時期，需重施花鈴肥。針對抗蟲棉開花結鈴快而集中的特點，可將花鈴肥的2/3施在初花期，剩余的1/3過15天左右再追施，這樣既能滿足棉花不斷開花結鈴的需要，又可有效避免棉株的徒長和早衰。
（三）蓋頂肥要滴施和葉面追施相結合
棉花生長后期以后，尤其是新疆8月份棉田，根系的吸收能力下降，若養分不足，極易引起早衰，需施蓋頂肥。葉面追施蓋頂肥具有簡便、快、效果好、省肥等優點。
二、蟲害問題
由于棉鈴蟲和黃萎病問題，南北疆雜交抗蟲棉呈逐年加大的趨勢。一般雜交棉均含有抗蟲基因。Bt棉就是抗蟲棉。是一種含有Bt基因的棉花，該基因能殺死棉鈴蟲等鱗翅目害蟲，而起到抗蟲作用。抗蟲棉體內的Bt基因能夠產生毒蛋白，這種毒蛋白在棉株的葉、蕾、鈴等部位含量較高，棉鈴蟲等鱗翅目害蟲吃了抗蟲棉這些部位后，會引起腸道和口腔麻痹，從而減少和停止進食，導致死亡。抗蟲棉只能殺死棉鈴蟲等鱗翅目害蟲的幼蟲，對其他害蟲殺作用，因此要加強對這些害蟲的田間調查，一旦達到防治指標，應及時施藥。
雜交抗蟲棉田間管理建議
（一）雜交棉生長田間表現
從近些年雜交棉的生長田間表現來看，雜交棉具有苗期生長勢強，棉花花鈴期棉蕾棉鈴脫落的少，抗高溫抗澇能力較強，但是抗低溫抗旱能力較弱。有網友說雜交棉低于16度就會紅葉早衰，而常規棉低于12度才會早衰紅葉。從田間表現上看，鉀肥于7月中下旬增施鉀肥，可大大的減輕紅葉早衰的風險。
（二）種植抗蟲棉后應高度重視防蟲工作
與常規棉相比，目前推廣的抗蟲棉品種在中后期大多表現出結鈴速度快、易早衰等特點，并且對第三代和第四代棉鈴蟲的抗性也有所降低。因此，在抗蟲棉的中后期應加強田間管理。當第三代和第四代棉鈴蟲發生較重時，則應以防治棉鈴蟲為主，兼治伏蚜和棉葉螨。還有早期防治棉薊馬，中后期防治棉盲蝽問題。