近年來，氣候多變，抽穗揚花期容易遇陰雨天氣，使得病菌容易侵染水稻。隨著兩系雜交稻的推廣和大面積種植，對肥水要求提高，在產量提高的同時，也為稻曲病的發生流行創造了有利條件。
稻曲病在水稻破口前七天后，即水稻葉枕平后，開始從水稻穎殼間隙侵入谷粒內，通過首先感染水稻花絲，阻止水稻花粉的成熟，然后阻斷子房受精，之后劫持其營養庫，吸收水稻灌漿時營養，而形成稻曲球。而在水稻開花后，花絲凋謝，稻曲病病菌由于喪失初侵染源，不再感染水稻。
如何判斷何時進入破口期？
水稻的破口期是稻穗剛剛從葉鞘內露頭、抽出的時期。此時，水稻的葉片生長全部完成、水稻的拔節過程基本已經結束、水稻的株高也即將固定。
通常情況下，水稻的主莖和低位分蘗的破口期會持續大概3-4天左右，其余的晚生分蘗還會向后推遲。所以，在破口期防治水稻病害的時間較為充足。
稻曲病理想防治時間：水稻葉枕平時期
水稻稻曲病的防治，施藥時間較為關鍵，理想時間是在水稻破口前7天，即水稻劍葉完全抽出時。用藥時間需要在水稻破口抽穗前施藥，在抽穗揚花后藥劑防治不起任何效果。
稻曲病防治藥劑推薦：肟菌戊唑醇、苯甲丙環唑、井岡霉素等。
水稻稻曲病防治口訣：
稻曲病氣候病，多雨年份會爆發
稻曲病穗期病，大穗易感幾率大
稻曲病危害大，偏施氮肥易發病
稻曲病真要命，影響產量降品質
稻曲病要預防，防治時期是關鍵
裂苞期來施藥，齊穗看天來補防
稻曲病要預防，防治藥劑很重要
多元復配高效，防病提質效果好
防稻曲別馬虎，感染以后無可救
銅制劑打稻曲，菌絲收干能掉落
苯甲丙防稻曲，量足實惠又高效
稻曲病防治誤區：
1.稻曲病出來了，再去把灰苞打掉？
這是下策，這時水稻品質已經下降且賣不上價格，很多農民朋友誤認為銅制劑可以把稻曲病打落，其實是銅制劑把稻曲病菌絲打收干，風吹以后掉落。感病的谷粒依然不能恢復，所以稻曲病防治遠遠大于后期進行防治。
2.防治一次就可以了？
一般需要防治2次。水稻劍葉抽出至葉枕平；首次全田三分之一以上主莖稈一片葉子全部抽出，即俗稱“打大肚苞”時用藥（約距出穗時間5-7天左右）。第二次防治不要在齊穗期防治，這時防治效果不好，一定在水稻全田出穗50%時候防治效果好。（來源：克山農技推廣、龍糧網）