小麥腥黑穗病是局部發生性病害，發生嚴重地塊減產或絕收，病田的小麥輕者面粉品質下降，重者失去食用價值。腥黑穗病小麥植株略矮、分蘗增多，麥粒穎片稍張開，露出病粒。病粒比健全粒稍粗短，成橢圓或不規則圓形，內部充滿黑粉，有魚腥味，故稱腥黑穗病。
小麥腥黑穗病通過帶病種子和土壤、秸稈等傳播，嚴重威脅小麥種植生長，不僅使小麥減產甚至絕收，而且還會減低小麥品質，病麥及面粉含有有毒物質三甲胺，人畜不能食用。不能市場銷售。當病粒率超過3%時，必須深埋處理。
小麥腥黑穗病的防治方法：
１、選用抗耐病優質良種。對于往年發生過小麥腥黑穗病的田塊及附近田塊絕不能留種，全部要換用合格新麥種，減低種子帶病的風險。嚴禁病區自行留種、串換麥種；
２、適期播種，合理輪作。播種不宜過遲過深，可促進幼苗早出土，減少病菌侵染的機會而減少發病。合理輪作倒茬，減低土壤病原數量。
3、藥劑拌種。藥劑拌種是防治小麥腥黑穗病經濟有效的措施。可用咯菌腈、戊唑醇等藥劑拌種。拌種藥劑可選用2%戊唑醇干拌劑或濕拌劑100～150克拌麥種100千克或2.5%咯菌腈懸浮劑100～200毫升拌麥種100千克。均勻拌種后晾干播種。
4、病田土壤藥劑處理。病田應采取藥劑拌種加土壤處理雙管齊下的辦法。每畝用70%甲基硫菌靈可濕性粉劑或50%多菌靈可濕性粉劑2公斤左右，或70%甲基硫菌靈可濕性粉劑1-1.5公斤，拌細土45～50千克，均勻撒在地面，然后翻耕入土。
5、5月中下旬，零星病區可拔除田間小麥腥黑穗病病株，全株深埋處理。重發田塊應收割堆放、集中深埋處理。鏟除消滅病麥秸稈、麥穗等一切病殘體。
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