微生物肥料是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品，是農業生產中使用肥料的一種。其在我國已有近50年的歷史，從根瘤菌劑--細菌肥料--微生物肥料，從名稱上的演變已說明我國微生物肥料逐步發展的過程。
使用復合微生物菌肥，具有七大功效：
一、減少化肥用量30%-60%。土壤使用復合微生物菌劑后，在土壤中大量分裂繁殖有益菌群，并產生大量有機酸，分解土壤中難溶解的固體磷和固體鉀，使土壤中難溶性磷鉀釋放出來，被作物吸收利用；同時吸附土壤中的氮元素防止揮化和隨水土流失，并能固定空氣中的氮供應作物生長發育。起到解磷、解鉀、固氮、促生長的作用。從而可減少化肥用量30%以上。如每畝施用50公斤復合肥，使用菌劑后，只要施用35公斤復合肥，就可超過50公斤復合肥的效果，節約購買化肥的成本和施用化肥的勞動力。
二、不死苗。土壤中含有砷、鉛、鎘、鉻、汞等有毒重金屬和至少含有28種有害病菌和寄生蟲，導致作物大量死苗現象發生。使用復合微生物菌劑后，大量分泌抗生素、溶解酶等有益毒素，降解土壤中的有毒物質，防止作物中毒死苗；有益菌大量繁殖后，在根系周圍迅速形成高密度菌絲體，阻止有害菌入侵，保護作物根系，防止根腐病，莖基腐病，疫病、立桔病，猝倒病等死苗現象；有益菌產生的幾丁質酶等拮抗機制，抑制灰霉病，霜霉病、紋桔病、稻瘟病、細菌性青枯病、軟腐病、枯萎病、黃萎病、白粉病等為害，使作物產生自我保護能力和健康土壤，防止爛葉爛根死苗。