微生物菌劑之所以能改善土壤狀況，是因為它由多種有益菌組成，使土壤有益菌迅速繁殖，增加有益菌群數量，解決土壤板結、重茬問題，改善土壤環境。具有“保水、增肥、透氣”性能，疏松土壤、提高透氣性、降低容重，提高幾丁質酶含量，活化土層，增強肥水滲透力。
微生物在土壤中物質和能量的輸入輸出中扮演著非常重要的角色，是物質循環鏈上的重要環節，它能夠活化土壤有機與無機養分，分解有機物，釋放養分，增加養分的有效性。當前土壤中出現的板結、酸化、鹽漬化、土壤貧瘠、地力衰竭等問題出現的原因肥料在土壤中長期積累、殘存、得不到有效分解和營養轉化，而養分的釋放和轉化正是靠微生物。
微生物通過代謝過程中氧氣和二氧化碳的交換以及分泌的有機酸等酸性物質，促進土壤中微量元素的釋放及螯合，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，并能改善土壤的通氣狀況，促進有機質、腐殖酸和腐殖質的生成。對應于當前土壤中出現的通透性不強、保水保肥性差、地力差等問題，正是受土壤中的團粒結構、有機質、腐殖酸和腐殖質的影響，而這些物質的形成又受土壤中微生物的作用。