對培育幼苗的土壤進行處理，需要按照本地棉花發生病害情況以及防治重點科學選擇劑。在播種棉花之前對苗床土壤進行嚴格的，只有這樣才可以的避免病害的發生流行。
通常來說，使用劑對棉花苗床土壤進行處理，主要是為了棉花的炭疽病、猝倒病、立枯病、黃萎病以及枯萎病等病害。經常用于對棉花苗床土壤處理的劑有多菌靈、敵克松、惡菌靈等。五氯硝基苯、！じｄ\（含福美雙、福美鋅）、菌毒清、強氯精、惡霉靈、福美雙以及咯菌腈等藥劑，能夠用來拌種處理以及在棉花苗期噴淋，也可以起到比較好的土壤效果。下面重點給大家介紹以下幾種：
棉隆棉隆是為廣譜性殺線蟲劑，對土壤里的、地下害蟲以及雜草也具有兼治功能。該種農藥容易在土壤里擴散，對線蟲防治效果比較好，并且具有較長的持效期，能夠和肥料進行混用，主要表現為熏蒸性。在使用的時候土壤氣溫應該確保在6攝氏度之上，在12攝氏度到18攝氏度時候為適宜，含水量確保在百分之四十以上。該藥對所有綠色植物都有藥害，在土壤處理時不可以接觸到農作物。
凈土靈，該藥劑是從微生物代謝產物中提取出來的一種劑，對某些病菌的生長具有抑制功能，比如影響孢子的萌發，致使菌絲形態產生變異，菌絲的孢內生化反應產生變化等。用于對苗床土壤的處理以及苗后的淋噴，能夠地防治棉花的黃萎病等許多種病害。該藥劑還可以誘導植物產生具有紅能的物質，并且能夠刺激棉苗等作物的生長。
乙蒜素還可稱為劑402，它是一種廣譜性的劑。主要用在棉花拌種或是噴淋灌根，對防治棉花立枯病、黃萎病、枯萎病等有著非常好的效果。乙蒜素對農作物生長具有刺激功能，經過其它處理過的種子出苗比較快，棉苗生長較為健壯。