木霉菌應該怎樣去防治呢，由于我們缺乏相關的知識要點，有可能會導致生長情況不好，各方面都受到影響，我們應該學習一下木霉菌的防治辦法，遇到相關的問題，不至于束手無策。盡管木霉不如鏈孢霉擴散和蔓延速度快，但由于生產條件的一致，往往導致成批污染，損失嚴重；對木霉污染菌袋的處理應本著早發現早處理、能治則治的原則：
對小斑點性、斑塊性污染，可采取注射200倍賽百09溶液藥物予以殺滅的辦法，只要殺死霉菌，雖然該袋不可做菌種使用，仍可繼續出菇，尚可挽回大部分損失。
第二，對大斑塊性污染，也可注射藥物，但需加大用藥量。
第三，對成片性初發污染，可采取藥物浸洗方式，即將菌袋褪去塑膜后置于200倍賽百09藥液中浸過，根據污染程度確定濃度及浸泡時間，一般以1分鐘左右為宜，然后單置發菌。
第四，對發現偏晚、污染嚴重的菌袋，使用藥物已無濟于事時，可作為廢料處理。