防治水稻爛秧的關鍵是抓育苗技術，改善環境條件，增強抗病力，必要時輔以藥劑防治。
（1）改進育秧方式因地制宜地采用旱育秧稀植技術或采用薄膜覆蓋或溫室蒸氣育秧，露地育秧應在濕潤育秧基礎上加以改進。秧田應選在背風向陽、肥力中等、排灌方便、地勢較高的平整田塊，秧畦要干耕、干做、水耥，提倡施用日本酵素菌漚制的堆肥或腐熟有機肥，改善土壤中微生物結構。
（2）精選種子，選成熟度好、純度高且干凈的種子，浸種前曬種。選擇高產、優質、抗病性強適合當地生產條件的品種是獲得高產的前提。一般推薦種植楚粳26、楚粳27、楚粳28、楚粳29、合系22—2、合系39等主要栽培品種，低熱河谷地區推薦種植雜交稻汕優、岡優等品種。
（3）抓好浸種催芽關。浸種要浸透，以胚部膨大突起，谷殼呈半透明狀，達過谷殼隱約可見月夏白和胚為準，但不能浸種過長。催芽要做到高溫（36～38℃）露白、適溫（28～32℃）催根、淋水長芽、低溫煉苗。也可施用ABT4號生根粉，使用濃度為13mg/kg，南方稻區浸種2小時，北方稻區浸種8～10小時，澇出后用清水沖芽即可，也可在移栽前3～5天，對秧苗進行噴霧，濃度同上。對水稻立枯病防效優異。
（4）提高播種質量根據品種特性，確定播期、播種量和苗齡。日均氣溫穩定通過12℃時方可播于露地育秧，均勻播種，根據天氣預報使播后有3～5個晴天，有利于谷芽轉青來調整浸種催芽時間。播種以谷陷半粒為宜，播后撒灰，保溫保濕有利于扎根豎芽。