盆栽檸檬如管理不當，往往只開花、不結果或少結果，甚至不開花。要讓盆栽檸檬年年開花、結果，必須在水、肥、修剪等環節進行科學的管理，才能達到果實累累的目的。管理的幾個主要環節如下：
合理修剪盆栽檸檬修剪的原因有二，一是盆小、土少，提供的養分有限，不能滿足檸檬生長的需求，必須進行修剪；二是，通過整形修剪，調節樹體內營養的合理分配，使有限的養分集中供給芽、葉，形成更多的結果枝，從而達到花果滿枝。盆栽檸檬在春梢萌發前，必須進行強度修剪，首先去除枯枝、病害枝、徒長枝、內向枝、交叉枝、萌生枝等。對強枝弱剪，留4、5個飽滿芽；弱枝強剪，留2、3個芽，促使每個枝條多發健壯的春梢。春梢長齊后，為控制其徒長，可進行輕剪，剪去枝梢3、4節。以后長出的新梢有6～8節時就摘心，目的是誘發較多的夏梢。
花前“扣水”為防止夏梢生長過旺，同時樹體要積累養分、促進花蕾的形成，在處暑前對盆栽檸檬進行“扣水”。具體做法是，在處暑前十余天對盆栽檸檬的供水逐漸減少；前5天停止供水，盆土經日曬，水分大量蒸發，盆土干燥；根系因水分缺乏，產生枝葉失水，葉片干癟、卷曲。為防止葉片脫水，可早、晚向葉面噴水，同時也可向盆土噴少量水，使檸檬處于既干旱又不致于枯死的條件下，其腋芽反而日益膨大，芽色由綠轉白，當大部分腋芽由綠轉白時，“扣水”促花就成功了。此時要及時恢復給盆栽檸檬供水。
；ū９麢幟书_花后，除每周施一次薄肥外，還須進行疏花、疏果。在花未開時先疏去一部分花蕾；花謝、坐果后，再疏去一些位置不當的幼果，目的是減少消耗養分，讓有限的養分集中供給保留下來的花、果，使果實長得更大更好。在果實成長期間，如果肥水充分，植株營養狀況好，部分枝條會萌發新梢，新梢的成長必然會分流部分營養，影響果實的長大。為保住果實，對長出的新梢要及時抹除。果實黃熟時，停止施肥，并減少澆水，讓土壤保持濕潤略微偏干。倘若繼續給予過多的肥水，則果實會提前老熟和早落，縮短觀賞時間。