蘑菇褐腐病主要表現為：染病的蘑菇子實體呈不規則白色棉絮狀菌團，無菌蓋和菌柄之別，表面被白色絮狀菌絲覆蓋，并滲出暗褐色液滴，散發腐敗臭味；也可致菌柄膨大或菌傘縮小，后潰爛產出褐色液滴狀物，治療時一定要選擇合理的農藥。
傳播途徑和發病條件：病菌平時生活在含有機質豐富的土壤中，多由覆土或營養料帶菌傳入菇房，引起菇床早期發病。也可通過工具和采菇人員傳播，擴大為害。尤其是噴水有助于孢子從病菇上散布出來。高溫高濕及通風不良，有利于發病。溫度高于17℃時，菌絲或子實體染病加重。
防治方法：（1）如菇床上覆土已被疣孢霉污染，可采用巴斯德滅菌法，即用1。6%甲醛消毒，或在覆土中噴灑25%多菌靈可濕性粉劑500倍液，或60%防霉寶超微粉600倍液、50%甲基硫菌靈可濕性粉劑500倍液、45%特克多懸浮劑3000倍液。（2）發病初期停止噴水，菇房通風降濕，溫度控制在15℃以下，病區噴1%～2%甲醛溶液或50%多菌靈可濕性粉劑500倍液。（3）發病嚴重的，須清除原有帶菌的覆土，換用新土覆蓋，將病菇深埋或燒毀，所有用具置于1.6%甲醛溶液中消毒。