冬春季番茄穴盤育苗生理苗齡4-5片葉、葉面積25-30平方厘米、株高10-12厘米、莖粗2.5-3.0毫米，日歷苗齡50天左右，選用72孔苗盤；夏季育苗生理苗齡3葉1心、葉面積30-35平方厘米、株高13-15厘米、莖粗3毫米左右，日歷苗齡20天左右，選用72孔或128孔苗盤。
番茄育苗基質配比為草炭2份、蛭石1份，此外，冬季育苗每立方米基質加15∶15∶15氮磷鉀三元復合肥2.5公斤，或1.2公斤尿素和1.2公斤磷酸二氫鉀。夏季育苗每立方米基質加15∶15∶15氮磷鉀三元復合肥2.0公斤。
播種可用播種機或手工播種，一般采用干籽播種，特別是丸粒化和包衣種子干籽便于機械化播種，有催芽室或夏季播種可干籽播。播種后應將苗盤覆蓋地膜保溫保濕，放入催芽室中溫度保持25℃。如果冬季氣溫低如果沒有催芽室，需要用地熱線加溫，催芽播種。夏季高溫天氣要采取遮陽措施。出苗后白天溫度保持25℃左右，夜間保持10-12℃；|育苗應經常澆水，保持基質濕潤。