棉花駝鈴的原因是很復雜的，基本可分為生理脫落、病蟲危害和機械損傷三方面
生理脫落 蕾鈴脫落是棉株生長發育過程中的普遍現象，是一種生物適應性，即在外界條件的影響下，通過內部生理變化，促進蕾柄或鈴柄處果膠酶和纖維素酶的活性，形成離層所導致的脫落。當前認為，生理脫落主要是有機養料和激素造成的。
有機養料的作用 由于蕾鈴得不到足夠的有機養料而脫落。生產上經常能看到在貧瘠的棉田，由于水肥不足，棉株生長瘦弱，株體矮小，葉面積小，葉色黃，營養生長過弱，造成的有機養料不能滿足蕾、鈴生長發育的需要而大量脫落。另一原因是有機養料分配失調，施用氮肥過多，棉株生長過旺，營養生長和生殖生長發展不均和，植株高大，枝葉繁茂，而供應蕾、鈴的有機養料不足，形成大量脫落。
光照導致脫落 光照是影響蕾鈴脫落的重要因素。光照減弱，光合產物少，花蕾數減少，棉株體內含糖量下降，脫落率會增加。同時，在弱光條件下，減慢養分從葉片流向蕾鈴的速度，不利于蕾鈴的發育。光照不足，還使劃分發育延緩，降低劃分發芽能力。
病蟲危害 病蟲可直接或間接的引起蕾鈴脫落，直接危害蕾鈴的害蟲朱啊喲有棉盲蝽和棉鈴蟲，危害時間長，這成為棉花蕾鈴脫落的主要原因。間接危害的有蚜蟲，造成棉葉卷縮，葉面積減少，光合產物減少，棉株矮小，蕾鈴脫落。