育苗芹菜耐藥性強，可適用的除草劑較多。經試驗，可選用氟樂靈、二甲戊靈（施田補）、惡草酮（惡草靈）、精氟吡甲禾靈（蓋草能）等藥劑。值得一提的是，在其它蔬菜上使用較為的敵草胺（外國商品名稱大惠利）可濕性粉劑或敵草胺乳油，對芹菜卻有較明顯的抑制作用，因此，在芹菜育苗地不能隨意使用。其除草技術有：
，用48％氟樂靈乳油每畝100-150毫升，加水40-50千克，在芹菜播種前或播后苗前均勻地噴霧在土壤表面，然后淺混土，對芹菜出苗，除草效果好。注意事項：如芹菜育苗采用覆蓋草簾或遮陽網，應在使用蓋簾或遮陽網前用藥。
第二，用33％施田補乳油每畝100-150毫升，加水40-50千克，在芹菜播后苗前均勻地噴霧在土壤表面。注意事項：砂質土壤應選用低劑量，并在蓋簾或遮網前用藥。
第三，用50％撲草凈可濕性粉劑每畝100-150克，加水40-50千克，在芹菜播后苗前均勻地噴霧在土壤表面。注意事項：砂性土壤用下限，藥后不可積水。
需要特別注意的是，芹菜生長前期和中期生長過程緩慢，經歷時間長，田間易滋生雜草，這個時候在除草的過程中，再配合施肥，效果會更好，定植后至封壟前，中耕3到4次，中耕結合培土，有利于芹菜生長。定植一到兩天之后，澆1次水，待芹菜長出7到8片葉，進入旺盛生長期后，應3到5天灌水一次，始終保持土壤濕潤，在促進芹菜旺盛生長的同時降低地溫，有利于芹菜生長。追肥應掌握少量多次的原則。一般每10-15天一次，每畝每次施尿素或復合肥10-15㎏，硫酸鉀10㎏。