木瓜黑腐病可以用農藥多菌靈、抑菌殺、烯唑醇、菌光光、賽撲爾進行防治。
發病癥狀：
發病部位為葉片，亦可危害枝梢和果實。葉片發病多從葉緣開始，初為水漬狀淡綠色斑，后呈不規則形，灰褐，邊緣紅褐色，潮濕時病斑上出現黑色小點。新梢發病，先出現水漬狀，灰褐色，潰瘍狀，干燥時皮層開裂，潮濕時腐爛，終枯死。果實發病，果面出現水漬狀淡綠色斑，后擴大為黑褐色斑腐爛，斑面出現小黑點。
發病環境及條件：
以子囊殼隨病殘體在土壤中越冬。翌年當氣溫穩定在6-8℃時，萌發為分生孢子，靠氣流、雨水淋濺傳播。悶熱，多雨，偏氮缺鉀田，管理不善田易發病，