水稻穗肥是指在穗分化開始時施用肥料，水稻穂分化發育形成是水稻生長發育的重要轉折期。水稻開花后的光合物質生產量與產量密切相關，穗肥合理施用對提高花后物質生產量，促進大穗形成，提高分蘗成穗數具有重要作用。施用穗肥需要把握以下幾個關鍵技術。
1.穗肥施用的適宜時期。水稻穗肥一般在倒2~4葉期間，可以一次施用，也可分兩次施用，大多在倒3葉施用。穗肥施用的適宜時期是在群體高峰苗已過，群體葉色明顯褪淡顯“黃”的生育時期。如果中期群體大，葉色不落“黃”，則不宜施用。因此在生產上，根據品種分蘗特性、土壤肥力，適當降低施用基肥和分蘗肥量，確保施用穗肥時，水稻群體高峰苗開始下降，群體葉色明顯褪淡顯“黃”。合理的穗肥施用時間與數量因地、因種、因苗合理確定。
2.群體和葉色正常型的穗肥施用。施用穗肥時，該類型水稻群體莖蘗數量適宜、葉色正常，即帶蘗中大苗手工栽插稻的高峰苗控制在適宜穗數的1.3~1.4倍（機插稻、拋秧稻可提高到1.4~1.5倍），葉色于無效分蘗期按時落黃。這類田塊可在倒4葉和倒2葉分兩次施用穗肥，南方粳稻穗肥用量約占總施氮量的40%~50%，雜交秈稻約占總施氮量的20%~40%。一般后期光溫條件較好可多施，南方粳稻可多施，寒冷地區、稻瘟病重發地區要少施，苗數少的多施，苗數多的少施。
3.群體偏小和葉色落黃型的穗肥施用。施用穗肥時，該類型水稻群體莖蘗數量偏小、葉色早落黃，即群體有效分蘗臨界葉齡期不夠苗，高峰苗不足適宜穗數的1.3倍，群體葉色在拔節前提早落黃。這類田塊應提早到倒5葉期開始施穗肥，并于倒4、倒2葉分二次施用。氮肥用量，粳稻可比原計劃穗肥增加10%~15%，雜交秈稻穗肥也應適當增加10%左右。
4.群體過大和葉色偏深型的穗肥施用。施用穗肥時，該類型水稻群體莖蘗數過大、葉色偏深，帶蘗手插稻高峰苗達到適宜穗數1.5倍以上（機插、拋秧稻群體莖蘗數在1.6倍以上），群體葉色至拔節期仍不褪淡顯黃的旺長群體，穗肥要推遲并減量施用。粳稻品種，葉色若至倒2葉顯黃，穗肥用量為設計用量的40%~50%；若至倒1葉葉色顯黃，用量為設計的20%~30%；若至倒1葉期群體葉色仍不落黃，則穗肥不施。雜交秈稻品種也應減量施用穗肥，或僅適量施用磷鉀肥。