一般情況下造成西葫蘆爛瓜的主要病害有灰霉病、菌核病、果腐病和軟腐病。這4種病害的病原菌不同，侵染西葫蘆后的癥狀也不同，應對癥選擇合適的劑治。
灰霉病病菌一般從凋萎的殘花開始侵入，初期花瓣呈水漬狀，后變軟腐爛，并生出灰褐色霉層，使花瓣腐爛、萎蔫、脫落，之后病菌逐漸向幼瓜擴展。受害部位先變軟腐爛，后著生大量灰色霉層。
菌核病主要侵染莖蔓和瓜，瓜染病時，初呈水漬狀腐爛，后軟化，長出白色菌絲，病斑上散生鼠糞狀黑色菌核。
菌核病與灰霉病的防治方法和用藥基本相同，可以采用蘸花、噴霧和煙劑熏蒸相結合的方法防治。一是要在蘸花藥中加入50%異菌脲可濕性粉劑500倍液預防。二是噴施50%異菌脲可濕性粉劑或50%乙烯菌核利水分散粒劑1000倍液。三是在閉棚后每畝用10%菌核凈煙劑200克熏蒸。為避免西葫蘆發生藥害，熏煙時間應選在下半夜，并在第二天早上通風。
西葫蘆發生果腐病，發病初期瓜呈濕潤腐爛狀，中后期病部長出白色略帶粉紅色的濃密霉層，病瓜腐爛，汁液從病部流出。防治果腐病，可以用72.2％霜霉威鹽酸鹽水劑600倍液或銅高尚27.12%堿式硫酸銅懸浮劑500倍液噴霧。