高粱細菌性條紋病病原細菌在病組織中越冬。翌春經風雨、昆蟲或流水傳播，從傷口或氣孔、皮孔侵入，病菌深入內部組織引起發病。
一、農業防治：
（1）播種或移栽前或收獲后，田間及四周雜草和高粱秸稈，集中燒毀或高溫漚肥；深翻地滅茬，促使病殘體分解，減少病原和蟲原。
（2）和非本科作物輪作，水旱輪作。
（3）選用抗病品種，選用無病、包衣的種子，如未包衣則種子須用拌種劑或浸種劑。
（4）育苗移栽或播種后用藥土覆蓋，移栽前噴施一次除蟲劑，這是防病的關鍵。
（5）適時早播，早間苗、早培土、早施肥，及時中耕培土，培育壯苗。
（6）選用排灌方便的田塊，開好排水溝，降低地下水位，達到雨停無積水；大雨過后及時清理溝系，防止濕氣滯留，降低田間濕度，這是防病的重要措施。
（7）土壤病菌多或地下害蟲嚴重的田塊，在播種前撒施或穴施殺蟲的藥土。
（8）施用酵素菌漚制的堆肥或腐熟的有機肥，不用帶菌肥料；采用配方施肥技術，適當增施磷鉀肥，加強田間管理，培育壯苗，增強植株抗病力，有利于減輕病害。
（9）地膜覆蓋栽培；合理施肥，增施磷鉀肥；合理密植，及時摘除莖部處2～3片葉子，增加田間通風透光度；病株、老葉，集中燒毀，病穴施藥。
（10）及時噴施除蟲藥，防治好蚜蟲、灰飛虱、玉米螟及地下害蟲，斷絕蟲害傳毒、傳菌途徑；防止病菌、病毒從害蟲傷害的傷口進入而危害植株。
（11）高溫干旱時應經常灌水，以提高田間濕度，減輕蚜蟲、灰飛虱危害與傳毒。嚴禁連續灌水和大水漫灌。
二、生物防治：
（1）浸種劑：80%抗菌劑402水劑5000倍液浸種24小時后，撈出用清水沖凈，晾干即可播種。
（2）噴施用藥：90%新植霉素可濕性粉劑3000倍液\醫用土霉素4000倍液\72.2%農用鏈霉素可濕性粉劑4000倍液\3%中生菌素可濕性粉劑1000倍液
三、化學防治：
（1）拌種劑：用種子重量0.3%的15%粉銹靈粉劑、或50%福美雙或70%甲基硫菌靈或12.5%速保利拌種；用種子重量0.7%的50%萎銹靈或50%敵克松或40%拌種雙或50%多菌靈拌種。
拌種方法：先把藥劑加適量水噴在種子上拌勻，再堆悶4～8小時后直接播種。
（2）噴施用藥：20%龍克菌懸浮劑600～800倍液\30%琥膠肥酸銅（掃細）懸浮劑500倍液\77%寧可多可濕性粉劑600倍液\30%DT可濕性粉劑600倍液\50%速克靈可濕性粉劑1000倍液\50%敵枯雙可濕性粉劑1000倍液\77%豐護安可濕性粉劑800倍液\70%敵克松可濕性粉劑500～1000倍液\47%加瑞農可濕性粉劑800～1000倍液\50%多菌靈可濕性粉劑500～800倍液。