棉花是我國重要的大田類經濟作物，在我國種植面積極為廣泛。在棉花生長過程中，苗床期殺菌是重要的一環，殺菌的好壞將直接影響著未來的收成。
一般來說，用殺菌劑處理棉花苗床土壤，主要目的是防治棉花的猝倒病、立枯病、炭疽病、枯萎病和黃萎病等病害。常用于棉花苗床土壤處理的殺菌劑有多菌靈、敵磺鈉（敵克松）、惡菌靈等。絡氨銅、五氯硝基苯、菌毒清、甲基硫菌靈、惡霉靈、福美雙、咯菌腈、強氯精、福·福鋅（含福美雙、福美鋅）、福·拌（含福美雙、拌種靈）等藥劑，可以用來拌種處理和棉花苗期噴淋，也能收到較好的土壤消毒效果。下面重點介紹以下幾種：
棉隆棉隆為廣譜性殺線蟲劑，對土壤中的真菌、地下害蟲及雜草也具兼治作用。該藥易在土壤中擴散，對線蟲防效好，且持效期長，可與肥料混用，主要表現為熏蒸性。使用時土壤溫度應保持在6℃以上（12-18℃為適合），含水量保持在40%以上。該藥對所有綠色植物均有藥害，土壤處理時不能接觸農作物。
凈土靈（0.5%氨基寡糖素水劑）該農藥是從微生物代謝產物中提取的一種殺菌劑，對一些病菌的生長具有抑制作用，如影響真菌孢子萌發，使菌絲形態發生變異，菌絲的孢內生化反應發生變化等。用于苗床土壤的消毒處理及苗后的淋噴，可有效地防治棉花的黃萎病等多種病害。該藥還能誘導植物產生具有抗菌作用的物質，并能刺激棉苗等農作物的生長。
稻腳青主要用于防治棉苗的炭疽病和立枯病。主要抓好營養缽土和蓋籽土的消毒。一般用20%稻腳青可濕性粉劑配制成0.3%-0.4%的藥液，將營養土缽澆濕，并用同樣濃度的藥液對蓋籽土噴霧。
銅高尚（27.12%堿式硫酸銅懸浮劑）其殺菌作用與波爾多液基本相同，以分離出的銅離子產生殺菌作用，殺菌譜廣，病菌不易產生抗藥性。對棉花的立枯病、炭疽病、猝倒病、枯萎病和黃萎病等均有良好的防治效果。銅高尚為新劑型，顆粒細，在水中的分散性好，噴藥后在棉苗上著藥均勻，克服了波爾多液在高溫高濕條件下使用時易對棉苗產生藥害的弊端，值得在棉花苗床上推廣使用。可以在播后苗前或出苗后淋噴一次，到移栽前再用銅高尚淋噴棉缽帶藥移栽，同時對移栽穴及周圍土壤淋噴一次藥，防止病菌由斷根處侵入。
乙蒜素又名抗菌劑402，是一種廣譜性殺菌劑。用于棉花拌種或者噴淋灌根消毒，對棉花立枯病、黃萎病、枯萎病等有較好的防治效果。乙蒜素對作物生長具有刺激作用，經它處理過的種子出苗快，棉苗生長健壯。
菌立停該藥是從海帶中提煉出來的精碘加助劑。它殺菌譜廣，無論是真菌、細菌還是病毒所引起的各種病害都具有良好的效果，長期使用無抗藥性，可防治棉花的枯萎病、黃萎病、立枯病、炭疽病。該藥殺菌機理獨特，殺菌的速度只需幾秒鐘，因它是一種帶負電荷的殺菌劑，其本身具有滲透性強的特點，而病菌一般都是帶正電荷的，一般殺真菌只需7秒，細菌3-4秒，病毒10秒就能殺滅。用于防治棉苗病害，可用稀釋液1000-1500倍液向苗床土壤灌根，效果好。