棚室中高溫、高濕的環境條件適宜病蟲害的發生，在種植油麥菜的期間，常見病蟲害有：霜霉病、灰霉病、油麥菜褐斑病、美洲斑潛蠅和煙粉虱。
1、霜霉病癥狀：幼苗和成株期均可發病，以成株期受害較重。病情由下部向上部蔓延，葉上初期形成淡黃色近圓形或多角形病斑，濕度大時，葉背病斑處長出白色霉層，病情嚴重將造成整葉干枯。使油麥菜失去商品價值。
防治方法：（1）農業防治合理密植，株行距15厘米×20厘米。控制棚室溫度，及時放風散溫，澆水后及時中耕。生長后期嚴禁大水漫灌。
（2）藥劑防治有條件的采用5％百菌清粉塵劑噴粉，畝用量1千克，也可采用66.8％霉克可濕性粉劑600～800倍液，40％乙磷鋁可濕性粉劑200～250倍液，或72.2％普力克水劑800倍液，均可噴霧，7～10天噴一次，連噴2～3次。
2、灰霉病癥狀：苗期染病，受害莖、葉呈水浸狀腐爛；成株期染病，始于近地表的葉片，初呈水浸狀，后迅速擴大，莖基腐爛，潮濕環境下，表面上生出灰褐或灰綠色霉層。
防治方法：（1）農業防治增溫保溫、控制濕度，防止植株表面結水膜，適當縮小晝夜溫差，避免冷風侵襲。
（2）藥劑防治預防時可用5％百菌清粉塵劑噴粉，畝用量1千克，或6.5％甲霉霜靈超細粉塵，畝用量1千克。用特立克600～800倍液或50％速克靈可濕性粉劑600～700倍液，或65％萬霉靈1000倍液，發病初期輪換使用，噴霧防治。
3、褐斑病癥狀：主要為害葉片，初呈水浸狀，后逐漸擴大成圓形至不規則形、褐色至暗灰色病斑。
防治方法：（1）農業防治避免偏施氮肥，適時噴施葉肥，促使植株健壯生長，增強病抗力。
（2）藥劑防治75％百菌清可濕性粉劑1000倍液加70％甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液，或50％撲海因可濕性粉劑1500倍液噴霧進行防治，10～15天一次，連續防治2～3次。
4、美洲斑潛蠅癥狀：屬雙翅目，潛蠅科昆蟲。成蟲、幼蟲均可為害，雌成蟲飛翔把植物葉片刺傷，進行取食和產卵，幼蟲潛入葉片取食葉肉，產生不規則蛇形蟲道，葉綠素被破壞，影響光合作用，嚴重的引起葉干枯。
防治方法：（1）農業防治：清潔田園，將被美洲斑潛蠅為害作物的殘體集中深埋、漚肥或燒毀。
（2）藥劑防治：1.8％愛福丁乳油3000～4000倍液或48％樂斯本乳油1000倍液噴霧防治。
5、煙粉虱癥狀：是同翅目，粉虱科的害蟲，它以成、若蟲刺吸植物葉液，致使受害葉褪綠、萎蔫或枯死，并可傳播病毒病。
防治方法：（1）農業防治：①棚室，減少蟲源。育苗前棚室，用硫磺2千克～3千克/畝＋80％敵敵畏油0.25千克拌上鋸末，分堆點燃，密封一晝夜，放風無味后才可使用。以消滅蟲源。②秋冬扣棚時，設置60～80目的防蟲網，阻止煙粉虱進入棚室。③利用煙粉虱的黃色趨性，在棚室、掛黃色誘蟲板掛在高于作物的地方，板上涂10號油并隔幾天清洗后再涂油，有一定誘殺作用，誘殺成蟲。
（2）藥劑防治：采用重虱靈熏殺；蜻x用、低毒、、低殘留農藥噴霧，連防3次，如用5％保綠殺或10％吡蟲啉或5％大功臣可濕性粉劑2000倍液噴霧防治。