大棚內的西葫蘆特別容易發生以下五種病害，其防治方法分別不同，在選擇農藥的時候要十分小心。
一、白粉病
發病初期用威遠的40%黑星必克1500倍液，于發病初期噴灑在葉片上，7-14天噴1次，連噴2-3次，或發病初期用45%百菌清煙劑，每667平方米用250-300克分放在棚內4-5處，點燃閉棚熏1夜，次晨通風，7天熏1次，視病情連續熏3-4次；。
二、灰霉病
發病初期噴灑50%多霉威可濕性粉劑600-800倍液，或25%解霉可濕性粉劑600-800倍液，7天噴1次，連續噴2-3次，煙熏法同白粉病。也可以每667平方米用6.5%萬霉靈粉塵1千克噴粉，7天噴1次，連噴2次。藥劑輪換使用。
三、霜霉病
發現中心病株后用72%退霜可濕性粉劑600-800倍液，或72.2%普力克水劑800倍液，或40%乙磷鋁可濕性粉劑200倍液，或64%殺毒礬400倍液噴霧，7-10天噴1次，視病情發展確定用藥次數。還可用糖氮液，即紅糖或白糖1%+0.5%尿素+1%食醋+0.2%乙磷鋁，7天噴葉面1次，煙熏法同白粉病。也可以每667平方米用5%百菌清粉塵1千克噴粉，7天噴1次，連噴2-3次；
四、蚜蟲
用10%吡蟲啉或抗虱丁可濕性粉劑1000倍噴霧，或用定擊、綠園蟲必克1000-1500倍液噴霧，噴灑時應注意葉背面均勻噴灑；保護地還可選用殺蚜煙劑，每667平方米400-500克，分放4堆，用暗火點燃，密閉3小時。
五、白粉虱
用蟲必克、抗虱丁、吡蟲啉、啶蟲脒、定擊1000-1500倍液噴霧。