金桔在生長發育過程中的常見病蟲害有：根腐病、潛葉娥、玉帶鳳蝶、柑桔全爪瞞等。
（1）金桔根腐病。此病多由土壤漬水而引起，盆栽者爛根的比較多。
防治方法：宜注意排除地下水，盆栽時要讓苗和盆的大小相稱，盆土不能過濕，以增強樹勢，減少發病率，初發生時可適當節水、排水，嚴重時很難恢復，應及早除去病株，加強健壯的管理。
（2）金桔潛葉蛾。多以幼蟲潛入金桔葉片背面表皮下，形成彎彎曲曲的蟲道，被害葉片常常卷曲脫落，嚴重影響長勢和開花結果。
防治方法：春季新梢大量萌發；梢長不超過1厘米時，可用生物農藥蘇云金桿菌100倍液進行噴霧防治，效果很好，且可防止果也可用氧化樂果乳油1000倍液進行噴霧防治。
（3）柑桔全爪瞞。柑桔全爪蝸又叫紅蜘蛛、黃蜘蛛，危害金桔葉、梢和果實，以葉片受害重，6-9月發生盛。葉片受害時正面出現許多灰白色小點，失去光澤，嚴重時一片粉白，造成大量落葉。
防治方法：發生期可用0.3度石硫合劑或40%樂果乳劑1000倍液，或20%螨卵酯可濕性粉劑700倍液噴霧防治，每半個月1次，噴3-4次，效果顯著。
（4）玉帶鳳蝶。此蟲以幼蟲危害葉片，幼嫩葉常被吃光，較老葉也常被吃得只留主脈。
防治方法：①冬季發現植株上有越冬的蛹應及時人工摘除；②鳳蝶幼蟲體較大，容易被發現，零星發生時，可及時捕殺；③幼蟲發生期，可用90%敵百蟲原藥800倍液噴霧防治。