在果樹套袋子前一定要注意防治病蟲害，尤其是在選擇農藥時要特別注意：
一、要選擇低毒低殘留的農藥品種及生物農藥、植物源、礦物源制劑，嚴禁使用高毒農藥。
二、重視運用農業、物理等防治措施。可采取清理果園、刮樹皮、合理施肥等農業措施；大力推廣應用性誘劑、頻振殺蟲燈、糖醋液誘殺害蟲。
三、選擇合理的防治時機，適時適量用藥，對癥下藥。對不同的病蟲要有針對性地選用農藥，如防治咀嚼式口器害蟲，要選擇具有胃毒作用的殺蟲劑；防治刺吸式口器害蟲，要選擇內吸性強的殺蟲劑；防治白粉病，可用三唑類劑；防治性病害，應用農用鏈霉素或新植霉素等。不同病蟲的防治適期也有差異，如蘋果霉心病在盛花末期為防治時機；蘋果褐斑病應在4~6月進行預防，發病后（7月中旬）要多次使用內吸性劑，才能減少病菌的再次浸染而不會造成大量落葉。根據溫濕度環境條件確定藥量，如在溫度較低時期，可使用劑量；在濕度大或有霧、露及連陰天情況下，勿噴藥和使用波爾多液、合成銅制劑等。對抗性強、有蠟質覆蓋體表的害蟲，可添加農藥助劑，以增加農藥滲透力、黏著力。
四、要選用壓力大、霧化好的施藥器械。對矮化、稀植果園盡量使用低容量噴霧器械；要使用小孔徑的多噴頭或噴槍，以確保霧化程度高，藥劑均勻著落于葉面、果面，提高防效。
五、要選擇不影響授粉及損傷果面的新型的農藥品種。生長前中期不使用廣譜性殺蟲劑，以免殺傷天敵和蜂、蛾、蝶類有益授粉的昆蟲；不使用含硫黃、銅、復配及非絡合態代森錳鋅類劑和低效、質量差的劑，以免產生果銹或造成果面粗糙；不使用如福美雙等對幼芽、幼果易產生藥害的劑。盡量少使用可濕性粉劑和乳油，可使用水懸浮劑、干懸浮劑、水乳劑、微乳劑類農藥，后者藥液顆粒細小，殺蟲且持效期長，還可避免果銹產生。如30%菌無菌，50%甲基硫菌靈懸浮劑、40%多菌靈懸浮劑等。用藥的時候，加入春雨1號子彈頭，不僅提高藥效，而且增強果樹長勢，防治落花落果達到膨果美果的目的。
六、果實套袋前控制好蚜蟲、介殼蟲、康氏粉蚧、盲蝽等刺吸式害蟲的危害。在套袋時要防止有害蟲殘體遺留在果面上，還要防止因蟲量大，套袋后有害蟲鉆入袋內，造成果面出現黑點和斑點，影響品質。
七、果實補鈣是套袋蘋果所必不可少的。宜選用硼、鈣相互促進吸收或含稀土的鈣制劑為佳，使用不宜少于2次，為提高跟外追肥效果，配合使用中威子彈頭一起使用，提高肥料吸收的45%-60%。
八、腐爛病發生嚴重的果園，要合理施肥、葉面噴肥，恢復樹勢。要施足底肥，追施磷鉀肥，并在花前、幼果、中后期噴施嬌艷等葉面肥。
九、選用優質、透氣性強的膜、紙袋。對于高溫、多雨年份，增加果袋透氣孔密度或擴大透氣口，可有效減少蘋果黑點病等病害的發生。