近來很多種大棚菜的農民朋友講道，一些瓜菜苗出現死苗現象。經觀察并非病菌危害，而是屬于典型的氨氣毒害。是使用化肥產生的影響，危害類型主要有以下幾種：
游離酸的危害
生產上使用的過磷酸鈣以及復混肥中使用的過磷酸鈣，一般是由礦石生產的，生產過程中需要使用硫酸，不少產品質量不穩定。特別是有些生產企業使用的是質量差的硫酸，很容易造成過磷酸鈣產品中的硫酸等酸類物質含量過高。不合格的過磷酸鈣含有的有害物質會污染土壤，使作物生長紊亂，破壞作物細胞原生質的極性結構，影響細胞的正常分裂而成病態組織，破壞作物的生長點，影響葉綠素合成，對作物造成不同程度的危害。如果用這種過磷酸鈣拌稻谷、小麥和蔬菜種子，極容易灼傷幼苗，嚴重時造成爛種死苗。
縮二脲的危害
尿素在造粒過程中溫度過高，會進行縮合反應，生成具有滲透性質的物質縮二脲（又稱雙縮脲），能引起種子的細胞脫水，抑制種子發芽。在水田里施用尿素，由于灌溉水的稀釋，水稻能耐較高濃度的縮二脲，濃度達400毫克/升以上時才能明顯傷害。尿素用于瓜、菜苗期，尤其應注意縮二脲對菜苗的危害；在旱時施用，如果縮二脲的濃度超過15毫克/升時，作物就會枯死。旱地施用尿素，特別是冬種作物施用，因氣溫及濕度均降低，尿素及縮二脲分解轉化成銨態都很慢，這時如已播種或移栽幼苗，濃溶液就會像腌菜一樣將種子或幼苗根中的水吸出，且高濃度的縮二脲的毒性影響種子發芽，或引起幼芽枯死。
因此，要注意早施底肥，必須施后2周后才可播種。如要搶農時，則必須在播種溝內施用尿素后，再在上面蓋層薄土，于薄土上播種。待種子萌發后逐漸伸幼根于下層時，尿素及縮二脲均已轉化為銨態，被土壤吸收，逐漸供應幼芽需要。移栽幼苗則必須待分解后才能移栽。
氨氣中毒
用碳銨、尿素作原料生產的復混肥易產生氨氣，特別是用碳銨生產的復混肥產品，含水量超標或氣溫較高時，碳銨會自行分解為氨、二氧化碳和水。相對來說，用尿素生產的復混肥不太容易產生氨氣，但在堿性較強的土壤中，含尿素的復合肥也容易產生氨氣。氨氣具有強烈的刺激性氣味，有嚴重的腐蝕性，會灼傷種子、幼苗和根系。另外，在濕度較大的大棚或溫室里施用尿素或碳銨，容易發生氨揮發，使蔬菜等作物因氨氣毒害而死苗。因碳銨在濕度大、溫度高時具有較強的揮發性，產生的氨氣具有刺激性和腐蝕性，其氨氣與種子接觸后會熏壞種子，甚至種胚，影響發芽和出苗。據試驗，每畝用12.5公斤碳銨作小麥種肥施用，出苗率不到40%；如將碳銨撒到施水稻種子廂面上，然后播種，爛芽率達50%以上。