食用菌生產中對病蟲害進行化學藥劑防治，要嚴格遵循其農藥使用原則，以確保產品和施藥者的人身。
一、知藥選藥
食用菌生產用藥前應先熟悉農藥的性質，應了解殺蟲劑和劑兩大類的區別，分別用于防治蟲害和病害，不能互換。殺螨劑不能替代殺線蟲劑。要熟悉農藥的理化性質、作用特點、使用方法、濃度與噴灑時間等。
二、要對癥下藥
食用菌發生眼蕈蚊、糞蚊，棚室500倍敵百蟲對菇蠅類的成蟲、幼蟲有，但對螨類殺傷力差。平菇對敵敵畏敏感，濃度稍大就可能產生藥害，改用敵百蟲或辛硫磷。雙孢菇對敵百蟲敏感，改用敵敵畏。如果有蚊蠅類和螨類同時發生，用辛硫磷和殺螨劑混配效果較好。
三、使用濃度合理
食用菌生產中要根據藥劑種類、病蟲害、食用菌不同生長階段，確定用藥濃度。一般播種前堆料及菇房物料用藥范圍和濃度相對大一些，播種后及出菇前用藥要嚴格控制在范圍之內，子實體階段濃度應更低一些。如辛硫磷加殺螨劑防治螨類等害蟲，堆料到出菇前用500倍液，而子實體階段必須用藥時應降至1000倍液。
四、菇期禁用農藥
注重菇前預防，并為食用菌生長創造優良的環境，增強本身抗病能力。必須用藥時，要選在出菇前，或將菇采凈。因為食用菌栽培周期短，容易殘留而引起食物中毒，進而會對產品的流通與消費產生嚴重影響。而且這些農藥也會對食用菌產生藥害。
五、選用低毒低殘留的藥劑
選用低毒低殘留的藥劑，禁用劇毒農藥常用的劑有多菌靈、百菌清、克霉靈、代森鋅、甲基硫菌靈、波爾多液、石硫合劑和硫磺粉等：常用的殺蟲劑有辛硫磷、敵敵畏、敵百蟲、殺滅菊醋、磷化鋁、殺螨特等。也可使用微生物制劑。無論是拌料、堆料或是菇房防治，嚴禁選用劇毒的、殘留期長的有機汞、有機磷等藥劑。不同藥劑交替使用可避免病菌、害蟲產生抗藥性而降低藥效。
六、注意保護人身
磷化鋁遇水生成的磷化氫穿透力強，對眼蕈蚊、糞蚊、跳蟲、線蟲等的防治效果很好，且無殘毒，但其本身對人有毒，熏蒸操作時要戴防護面具，操作人員要2人以上確保人身。