根瘤菌肥用于豆科作物拌種時必須注意“互接種族”的關系，根據不同的豆科作物選用相應的菌肥。施用前將菌肥倒在盆內，加水適量，混勻后拌種，待種子略微風干后即可播種，也可在播種前一天拌種。
固氮菌肥料是含有大量好氣性自生固氮菌的微生物肥料。自生固氮菌不與高等植物共生，沒有寄主選擇，而是獨立生存于土壤中，利用土壤中的有機質或根系分泌的有機物作碳源來固定空氣中的氮素，或直接利用土壤中的無機氮化合物。固氮菌在土壤中分布很廣，其分布主要受土壤中有機質含量、酸堿度、土壤濕度、土壤熟化程度及磷、鉀、鈣含量的影響。
一是固氮菌對土壤酸堿度反應敏感，其適宜PH為7.4～7.6，酸性土壤上施用固氮菌肥時，應配合施用石灰以提高固氮效率。過酸、過堿的肥料或有作用的農藥，都不宜與固氮菌肥混施，以免發生強烈的抑制。
二是固氮菌對土壤濕度要求較高，當土壤濕度為田間持水量的25%～40%時才開始生長，60%～70%時生長。因此，施用固氮菌肥時要注意土壤水分條件。
三是固氮菌是中溫性，適宜的生長溫度為25～30℃，低于10℃或高于40℃時，生長就會受到抑制。因此，固氮菌肥要保存于陰涼處，并要保持一定的濕度，嚴防曝曬。
四是固氮菌只有在碳水化合物豐富而又缺少化合態氮的環境中，才能發揮固氮作用。土壤中碳氮比低于40～70：1時，固氮作用迅速停止。土壤中適宜的碳氮比是固氮菌發展成優勢菌種、固定氮素重要的條件。因此，固氮菌施在富含有機質的土壤中，或與有機肥料配合施用。
五是土壤中施用大量氮肥后，應隔10天左右再施固氮菌肥，否則會降低固氮菌的固氮能力。但固氮菌劑與磷、鉀及微量元素肥料配合施用，則能促進固氮菌的活性，特別是在貧瘠的土壤上。
六是固氮菌肥適用于各種作物，特別是對禾本科作物和葉類蔬菜效果明顯。固氮菌肥一般用作拌種，隨拌隨播，隨即覆土，以避免陽光直射。也可蘸秧根或作基肥施在蔬菜苗床上，或與棉花蓋種肥混施。也可追施于作物根部，或結合灌溉追施。