洋蔥苗期管理的中心是培育適齡壯苗，即要防止幼苗過大而導致先期抽薹，又要避免秧苗徒長和老化。
1、水分管理 播種時澆足水后將地膜蓋好壓好邊，一直到出苗為止不揭膜，以利保溫保水。出苗后，床土經常保持在見干見濕的狀態，小水勤灌。定植前7-10天煉苗，停止給水。
2.溫度管理 幼苗出土前棚內白天氣溫保持在25-30℃，夜間不低于10-16℃，幼苗出齊后降低溫度防止徒長，白天20℃左右，夜間8-10℃，幼苗后期白天15-16℃，夜間5-6℃。
3、追肥管理 長出2片真葉后根據長勢和土壤肥力狀況追1-2次肥料主要指氮肥，每次每667m2苗床撒施尿素15公斤，施后及時給水或用尿素與磷酸二氫鉀各10g兌水10公斤進行葉面噴施。
4.培土育蔥白 當出苗揭膜后，隨著氣溫的上升要經常通風降溫致使床面很快干燥，加之蔥苗根系不發達，導致秧苗生長很易受阻，要在苗的行間培篩好的細土1-2次，一則保護根系，二則利于培育壯苗便于移栽。
5.松土及病蟲害防治 為防止表土板結及除草在片真葉出現后應澆松一次，以后根據情況及時松土拔草。幼苗大量出土后為防猝倒病可用甲霜。惡霉靈每隔7-10天一次。苗期主要發生的蟲害是地蛆，可用阿維菌素藥液隨水沖施。