龍眼是一種對水肥條件要求比較嚴格，高產量和高收益的果樹品種，要求的立地條件和肥水條件比荔枝要嚴格得多。龍眼的產量因肥水條件的差異而變化很大。科學施肥是提高山地龍眼種植效益的關鍵。龍眼結果期既是養分的積累又是養分的消耗多的時期。
由于果品的消耗，在大年時占當年施肥量的2/3，小年時占當年施肥量的1/3左右。果實生長發育期大部分的光合產物轉移到果實上，根與果爭奪有機養分處于劣勢，根與梢交替生長的特點并沒有突出。在果實膨大期，龍眼根系在吸肥時具有特別強的能力。因此，根據龍眼結果樹的生長需求，各種礦物元素源源不斷地供應根系，結合適當的根外追肥，對提高產量和改善品質，加速采果后樹勢的恢復，都是十分必要的。
龍眼結果樹的施肥原則：
見花施肥，以產定量；以有機質根際施肥為主，化學肥料配合和根外追肥為輔；有機質肥早施深施，化學肥淋施或撒施；早施攻梢肥，增施磷鉀肥和微肥。
龍眼結果樹的科學施肥方法：
是需肥量和施用效益是科學施肥考慮的前提，按需施肥和平穩供肥是提高肥料利用率和獲取經濟效益的途徑。不同果園由于所處的立地條件，土質肥瘦，樹勢強弱，葉綠層厚薄，樹齡和掛果多少而千差萬別，因此施肥上不能一概而論，更沒有統一的標準。但就一般而言，每掛果50公斤，當年需肥量相當于有效養分純氮1―1.2公斤，磷0.2―0.3公斤，氧化鉀0.8―1公斤，氮、磷、鉀比例為1：0.3―0.5：0.8―1。在生產實際中，由于肥料的總類和利用率的不同，其施用數量還有很大的差別。就茂名地區山地龍眼來說，每產50公斤果，當年應施麩類4―7公斤，雞糞10―15公斤，尿素3―4公斤，過磷酸鈣2―3公斤，氯化鉀3―3.5公斤，肥料成本約在25―38元/株左右。
這樣，當年的產量和采果后秋梢的培養就有了較大的，達到增加施肥效益的目的。見花施肥、以產定量在東南亞各國以及臺灣產區已普遍采用，取得了明顯的效果。此期施肥以有機質肥為主，一般分兩次施用，占全年施肥量的60%―70%以上。
次在見紅點到花序抽生期施用，應在去冬翻土控梢期間，有計劃地先開2―3個40―80厘米、深30厘米的環狀溝，把有機肥料配適量化肥，再加上100克荔枝、龍眼肥料專用添加劑與土混勻后回坑；
第二次一般在5月中旬前后，在樹冠底下與原位置錯開，開3―4條放射狀的坑與有機質肥配合磷鉀肥混土施下；
第三次施肥應在收果前的15―20天即7月上中旬施用，這次以的化肥加50―100克荔枝龍眼專用肥料添加劑，在樹冠下開淺溝或雨天后撒施。此次肥料對滿足果實發育需要，增加產量，采果后及時恢復樹勢，培養強壯的次秋梢具有十分重要的作用；
第四次肥料應在次秋梢轉綠后于9月中旬前后及時施下，此次肥應適當增加氮肥用量，干旱時要注意水肥配合，以促進根系生長和第二次秋梢于10月中下旬及時抽出；
一次肥可在11月上旬施下，補施一次以鉀肥為主的水肥，促進葉片及早老熟，促進花芽的生理分化。
施肥上要注意上半年以有機質肥為主，下半年攻梢肥以化學肥為主，少施或不施有機質肥料。因為有機質肥料在土壤微生物分解作用下，其過程具有緩慢分解和平穩供肥的特點，有利于提高肥料利用率和滿足龍眼生長需要；反之，如下半年大量施用有機質肥，由于肥效長，易造成冬季營養生長過旺，葉色難于退綠，誘發冬梢，遇到不良的冬季條件下則難于成花，這在一些果園中已有深刻的體會和教訓。同時，有機質肥只要能做到早施，就不必要堆漚，可提高肥效，方便施用。龍眼的根外追肥作用迅速，保葉保果效果好。儲良龍眼遇到不良天氣如低溫陰雨、寒潮、干旱或根際環境不良、掛果過多、抽穗或新梢抽生時易引起老葉脫落，應及時根外追肥。常用的是0.3%磷酸二氫鉀、0.5%尿素，加核苷酸或農一清、生多素、綠寶、綠旺等各種專用的葉面肥。
噴施時應先擇陽光比較好的下午，注意主要噴在葉背多氣孔的部位，一般每隔10―15天噴一次即可。